High prevalence of SARS-CoV-2 detection and prolonged viral shedding in stools: A systematic review and cohort study

Abstract

Objectives

To: 1. Describe the frequency of viral RNA detection in stools in a cohort of patients infected with SARS-CoV-2, and 2. Perform a systematic review to assess the clearance time in stools of SARS-CoV-2.

Methods

We conducted a prospective cohort study in two centers between March and May 2020. We included SARS-CoV-2 infected patients of any age and severity. We collected seriated nasopharyngeal swabs and stool samples to detect SARS-CoV-2. After, we performed a systematic review of the prevalence and clearance of SARS-CoV-2 in stools (PROSPERO-ID: CRD42020192490). We estimated prevalence using a random-effects model. We assessed clearance time by using Kaplan–Meier curves.

Results

We included 32 patients; mean age was 43.7 ± 17.7 years, 43.8% were female, and 40.6% reported gastrointestinal symptoms. Twenty-five percent (8/32) of patients had detectable viral RNA in stools. The median clearance time in stools of the cohort was 11[10–15] days. Systematic review included 30 studies (1392 patients) with stool samples. Six studies were performed in children and 55% were male. The pooled prevalence of viral detection in stools was 34.6% (twenty-four studies, 1393 patients; 95%CI:25.4–45.1); heterogeneity was high (I²:91.2%, Q:208.6; p ≤ 0.001). A meta-regression demonstrates an association between female-gender and lower presence in stools (p = 0.004). The median clearance time in stools was 22 days (nineteen studies, 140 patients; 95%CI:19–25). After 34 days, 19.9% (95%CI:11.3–29.7) of patients have a persistent detection in stools.

Conclusions

Detection of SARS-CoV-2 in stools is a frequent finding. The clearance of SARS-CoV-2 in stools is prolonged and it takes longer than nasopharyngeal secretions.

Resumen

Objetivos

1. Evaluar la detección de ARN viral en deposiciones y su tiempo de excreción en una cohorte de pacientes con SARS-CoV-2; 2. Realizar una revisión sistemática para evaluar el tiempo de excreción en deposiciones del SARS-CoV-2.

Métodos

Estudio de cohorte prospectiva en dos centros entre marzo-mayo del 2020. Incluimos pacientes infectados con SARS-CoV-2 de cualquier edad y gravedad. Recolectamos secreciones nasofaríngeas y deposiciones en forma seriada para detectar SARS-CoV-2. También realizamos una revisión sistemática de la prevalencia y excreción del SARS-CoV-2 en deposiciones (PROSPERO-ID: CRD42020192490). Estimamos la prevalencia usando un modelo de efectos aleatorios. Evaluamos el tiempo de excreción usando curvas Kaplan-Meier.

Resultados

Incluimos 32 pacientes; edad media 43 ± 17,7 años, 43,8% eran mujeres y 40,6% reportaron síntomas gastrointestinales. Veinticinco por ciento (8/32) tenían ARN viral detectable en deposiciones. La mediana de excreción en deposiciones fue 11 [10-15] días. La revisión sistemática incluyó 30 estudios (1.392 pacientes) con muestras en deposiciones. Seis estudios fueron realizados en niños y 55% eran hombres. La prevalencia estimada de detección viral en deposiciones fue de 34,6% (24 estudios, 1.393 pacientes; IC 95%: 25,4-45,1); la heterogeneidad fue elevada (I²: 91,2%; Q: 208,6; p ≤ 0,001). Una metarregresión demostró una asociación entre el género femenino y menor prevalencia en deposiciones (p = 0,004). La mediana de tiempo de excreción fueron 22 días (19 estudios, 140 pacientes; IC 95%: 19-25). Tras 34 días, 19,9% (IC 95%: 11,3-29,7) de los pacientes tenían detección persistente en deposiciones.

Conclusiones

La detección de SARS-CoV-2 en deposiciones es un hallazgo frecuente. La excreción del SARS-CoV-2 en deposiciones es prolongada y es más tardía que en secreciones nasofaríngeas.