Metodología para la obtención de proteomas en plasma de pacientes con cáncer colorrectal por electroforesis bidimensional

Introducción

Actualmente existen limitaciones en los métodos de diagnóstico del cáncer colorrectal, empobreciendo el pronóstico en la mayoría de casos. Con el fin de establecer un método de diagnóstico menos invasivo se está adelantando la búsqueda de proteínas presentes en plasma que puedan servir como biomarcadores de la enfermedad mediante abordajes proteómicos.

Objetivo

Establecer una metodología experimental que permita la obtención y comparación de proteomas de muestras de plasma de pacientes con cáncer colorrectal y de controles mediante la implementación de electroforesis bidimensional.

Materiales y métodos

Se trabajó con muestras de plasma de pacientes con cáncer colorrectal incidente in situ, invasivos proximales e invasivos distales en comparación con controles (n = 3 para cada grupo). Se evaluaron dos sistemas de pretratamiento de la muestra, uno basado en la depleción de proteínas abundantes conocido como Proteoprep^® (Sigma-Aldrich) y un sistema de enriquecimiento de proteínas de baja abundancia llamado Proteominer™ (Bio-Rad). Las muestras se trataron con agentes precipitantes para la separación de proteínas y finalmente se sometieron a isoelectroenfoque y electroforesis denaturante. La detección de proteínas se realizó por tinción con azul de coomassie coloidal. Los geles se documentaron con el sistema VersaDoc (Bio-Rad). Las imágenes se analizaron usando el programa Melanie 7.0 con el fin de efectuar la clasificación de los spots de acuerdo a sus niveles de expresión entre los grupos de estudio.

Resultados

Para el pretratamiento de las muestras se escogió el sistema Proteoprep®, que permitió la visualización de un mayor número de spots en comparación con las muestras sin tratar y a su vez admite una comparación no sesgada entre los grupos de estudio. Se estableció el método del ácido tricloroacético como el más apropiado para la precipitación de proteínas debido a que permite un procesamiento mínimo de las muestras con una tasa de recuperación alta. Siguiendo la metodología optimizada se obtuvieron los perfiles de expresión proteica de las 12 muestras de interés cumpliendo los parámetros requeridos para el análisis estadístico de las imágenes y la identificación de los spots con expresión diferencial.

Conclusiones

Se estableció una metodología para el procesamiento de muestras de plasma orientada a la obtención de perfiles de expresión proteica por electroforesis bidimensional para la identificación de spots con expresión diferencial entre grupos.