Aparición de novo de la mutación E484K en una variante del linaje B.1.1.7 de SARS-CoV-2

Desde su primera descripción en diciembre de 2020¹, la variante de preocupación VOC-202112/01 (también conocida como linaje B.1.1.7, 20I/501Y.V1 o, recientemente, según la OMS, simplemente alpha²) del SARS-CoV-2 ha ido extendiéndose por todo el mundo. En nuestra área geográfica se ha hecho predominante desde comienzos de marzo de 2021, representando en junio más del 90% de las nuevas infecciones³. Esto se debe principalmente a las mutaciones que esta variante acumula en el gen que codifica la espícula (gen S) especialmente en la zona de unión al receptor (RBD). Estas mutaciones, especialmente la mutación N501Y que comparte con las variantes de preocupación beta (B.1.351 o 20H/501Y.V2) y gamma (P.1 20J/501Y.V3), entre otras, se relacionan con un aumento de la afinidad de la unión de la espícula con la enzima convertidora de angiotensina II y un aumento de la transmisibilidad⁴. Estas dos últimas variantes comparten además la mutación E484K, también en el entorno del RBD, que podría relacionarse con cierto grado de escape a la acción de las vacunas⁵. Por ello, cuando aparecieron las primeras secuencias del linaje B.1.1.7 con la mutación E484K, las autoridades británicas las declararon variantes de preocupación VOC-202102/02⁶; aunque el clúster en el que se enmarcaban esas variantes no parece haber sido tan exitoso y representa solamente el 0,225% de las secuencias del linaje B.1.1.7 incluidas en GISAID (Global Initiative on Sharing All Influenza Data).

Conforme al protocolo de cribado de variantes de nuestro centro, todas las muestras positivas para SARS-CoV-2 con Ct < 32 se analizan empleando el kit Allplex™ SARS-CoV-2 Variants I Assay (Seegene, Corea) que detecta de forma simultánea las mutaciones H69/V70, E484K y N501Y. A finales de abril identificamos una muestra positiva a las 3 dianas estudiadas. Además de la muestra del paciente que presentaba las 3 mutaciones, se secuenciaron las muestras de los otros tres casos positivos del clúster familiar de los que el paciente había sido contacto estrecho y presentaban un perfil compatible con el linaje B.1.1.7 pero sin la mutación E484K. Para la secuenciación del genoma viral se empleó el panel Ion AmpliSeq SARS-CoV-2 Research Panel (Thermo Fisher Scientific, USA)⁷. Las librerías fueron preparadas siguiendo las instrucciones del fabricante y se cargaron en un chip 540 y en la plataforma Ion GeneStudio™ S5 (Thermo Fisher Scientific, USA). El genoma se ensambló mediante el plugin IRMA⁸ y se comprobó su consistencia mediante el programa Integrative Genomics Viewer (IGV)⁹. Además, se empleó la webApp Nextstrain¹⁰ tanto para la asignación del clado como para la visualización de las mutaciones. Las secuencias obtenidas mediante secuenciación masiva confirmaron los resultados de las técnicas de cribado de variantes por PCR. La muestra problema presentaba la mutación G23012A que condiciona el cambio de aminoácido en el gen S E484K. Ninguna de las otras tres muestras presentaba esa mutación en el ensamblado, además las lecturas de A en la posición 23012 representaban menos del 1% de las lecturas en cada una de las muestras. Exceptuando la mutación G23012A, las cuatro cepas del clúster familiar eran idénticas y tenían tanto las mutaciones características del linaje B.1.1.7 como algunas propias (ver tabla 1).

Tabla 1.

Cobertura de las mutaciones presentes en el clúster familiar

	Muestra Problema	Familiar 1	Familiar 2	Familiar 3
C241T	2935	7356	4892	3110
C913T	5499	10533	7634	5110
C3037T	6899	10817	8752	8597
C3267T	1870	6997	4489	3645
C4464T	7318	13962	8950	5797
A5041G	3407	6980	4543	2567
C5388A	4309	8448	5309	3474
G5763A	7673	12951	9983	10079
C5986T	2074	3458	1213	449
T6954C	2822	7202	3136	933
11288-11297	6911	11107	8345	7157
C11668T	5339	7078	3973	2795
C12439T	6903	11349	7622	6920
C14407T	4004	6209	3489	2521
C14408T	4006	6230	3496	2525
C14676T	5486	8911	6115	4265
T15096C	3185	5267	3462	3199
C15279T	1811	6655	4096	2838
T16176C	6050	11721	8117	9837
C18647T	2354	6501	4085	3055
21766-21772	5587	6261	5807	5072
21994-21997	7153	7985	6569	5075
G23012A	8771
A23063T	2137	5422	4300	1691
C23271A	4375	7485	6071	5999
A23403G	13281	16004	13387	13398
C23604A	9736	12985	11754	14791
C23709T	7735	11037	9594	7600
T24506G	14234	17157	15581	13242
G24914C	9398	14695	11772	7804
C27972T	25717	28812	39283	27683
G28048T	25829	28835	39267	27589
A28095T	12218	16000	19763	6728
A28111G	12192	15990	19727	6687
28274	9517	11135	18433	8315
G28280C	10624	12112	19790	8916
A28281T	10686	12175	19865	8933
T28282A	10689	12181	19875	8936
C28320T	10853	12294	20071	9036
G28881A	6831	10521	12661	5721
8882A	6840	10531	12673	5728
G28883C	6841	10531	12673	5728
C28977T	6715	10284	12336	5378

Pese a pertenecer al linaje B.1.1.7 y presentar además la mutación E484K, la secuencia de nuestra muestra no compartía el resto de las mutaciones características de la VOC-202102/02 por lo que se trataba probablemente de una aparición de esta mutación independiente a las encontradas en febrero de 2021 en el Reino Unido, de forma similar a otras apariciones sincrónicas de esta mutación. En este caso, la cadena de transmisión epidemiológica es bastante clara, ya que la infección del paciente con la mutación E484K es la que aparece de forma más tardía: una semana posterior al resto y cuando el paciente se encontraba en aislamiento desde hacía seis días por ser contacto estrecho de caso confirmado, por lo que, probablemente, esta mutación apareció de novo, bien en el propio paciente o bien en cualquiera de los otros tres integrantes del clúster tras la toma de sus respectivas muestras. Afortunadamente, el paciente no tuvo contactos estrechos posteriores y tampoco se han observado nuevas variantes pertenecientes al linaje B.1.1.7 con la mutación E484K en los cribados diarios realizados en nuestra organización sanitaria.