Introducción: Nuestro objetivo fue identificar biomarcadores de EII mediante la comparación del perfil proteómico de las vesículas extracelulares (VE) en suero entre controles sanos (CS), pacientes con enfermedad de Crohn (EC) [activa (aEC) y quiescente (qEC)] y colitis ulcerosa (CU) [activa (aCU) y quiescente (qCU)].

Métodos: Se incluyeron 150 individuos con una ileocolonoscopia realizada el mismo día de la extracción de sangre: 30 CS, 30 aEC, 30 qEC, 30 aCU y 30 qCU. La gravedad de la actividad endoscópica se categorizó según el SES-CD en la EC y el subíndice endoscópico del índice de Mayo en la CU. Se realizó el aislamiento de las VE del suero mediante ultracentrifugación y su tamaño, distribución y concentración se determinaron mediante análisis de seguimiento de nanopartículas con NanoSight LM10 (Malvern, Reino Unido). El análisis diferencial proteómico se realizó mediante espectrometría de masas en tándem nLC Label Free mediante nanoACQUITY UPLC (Waters) acoplado en línea a un LTQ Orbitrap XL (Thermo Electron, Bremen, Alemania). La identificación de los péptidos se realizó mediante Mascot (MatrixScience, Londres, Reino Unido) con Uniprot/Swissprot DataBase, y la cuantificación de proteínas por Progenesis LC-MS (Nonlinear Dynamics Ltd, Newcastle upon Tyne, Reino Unido). Se consideró que las proteínas con p (validación cruzada) < 0,05 y una precisión ≥ 0,65 (tanto individualmente como en combinación con otra molécula) tenían potencial como biomarcadores.

Resultados: Se identificaron 324 proteínas. Varias de ellas cumplieron los criterios para ser propuestas como potenciales biomarcadores. Finalmente, se seleccionó un panel de 7 proteínas para su validación en una cohorte independiente (tabla).

Conclusiones: Las VE séricas de los pacientes con EII presentan una composición proteica diferencial, en comparación con las de los CS, que también varía en función de la presencia de inflamación. Estas proteínas podrían ser potenciales marcadores no invasivos de EII.