Asociación entre haplotipos del gen il1b y el riesgo de cáncer colorrectal en poblaciones colombianas: un estudio de casos y controles

Introducción

Los polimorfismos de un solo nucleótido (SNPs) en citoquinas pueden afectar la expresión génica favoreciendo procesos de inflamación y carcinogénesis. Hay resultados contradictorios con respecto a la asociación entre marcadores en el gen de IL1B con cáncer colorrectal (CCR). La mayoría de los reportes sobre esta asociación han analizado el efecto de SNPs individuales. Sin embargo, existe evidencia sobre la importancia de estudiar el contexto haplotípico con el fin de entender mejor el efecto de estas variables en la expresión del gen y el CCR.

Objetivo

Evaluar la asociación entre el CCR y pólipos adenomatosos (PA) con haplotipos del gen de IL1B en poblaciones colombianas.

Materiales y métodos

Se reclutaron 317 CCR, 199 PA y 511 controles (pareados por edad y sexo) en 6 ciudades colombianas con diferente riesgo para CCR, como parte de un estudio multicéntrico de casos y controles dirigido a la identificación de factores de riesgo ambientales y genéticos para CCR en nuestro país. Los participantes firmaron un consentimiento informado, donaron muestras de sangre y respondieron cuestionarios. Se genotiparon 5 SNPs del gen de IL1B (−3737, −1464, −511, −31 y +3954) mediante Taqman^® SNP Genotyping Assays. Se calculó el equilibrio de Hardy-Weinberg (HWE) y se realizaron los análisis estadísticos usando regresión logística condicional ajustando por factores de riesgo y ancestría. El desequilibrio de ligamiento (LD) fue calculado usando Haploview 4.0 mediante los estadísticos D′ y r². Los análisis de haplotipos se realizaron en STATA v11.0 bajo un modelo aditivo. Este estudio fue aprobado por el Comité de Ética del Instituto Nacional de Cancerología.

Resultados

Los controles se encontraron en HWE (p > 0,05). Encontramos un bloque haplotípico que incluyó los cuatro SNPs de la región promotora del gen de IL1B. Los SNPs IL1B-31 e IL1B-511 se encontraron en perfecto LD (D′: 0,998; r²: 0,948), es decir, que son TagSNPs. Bajo un modelo aditivo, encontramos una asociación entre el haplotipo -3737C/-1464G/-511T/-31C y el riesgo de CCR (p < 0,05) y esta asociación persistió cuando se hicieron los análisis en la submuestra que tiene la información de ancestría (N = 515), ajustando por edad, sexo y nivel educativo (OR 1,95 IC 1,12-3,38 p = 0,02). Este riesgo se pierde cuando el alelo raro -1464C está presente en el haplotipo. La diferencia entre tener el alelo -1464G o el alelo -1464C fue estadísticamente significativa (p < 0,05).

Conclusiones

Existe una asociación positiva entre el haplotipo -3737C/-1464G/-511T/-31C y el riesgo de CCR en la población colombiana.