La mayoría de las bacterias contienen genes propios que, de forma natural, causan algún tipo de resistencia a los antimicrobianos. Si, como consecuencia de ello, el microorganismo consigue sobrevivir a las concentraciones de antimicrobianos que se alcanzan in vivo, la resistencia adquiere importancia clínica. Los antimicrobianos son capaces de seleccionar individuos o subpoblaciones bacterianas que, de forma natural o adquirida, presentan resistencia a éstos. Las causas de esta resistencia son múltiples, tanto desde el punto de vista genético como bioquímico. Los 2 procesos genéticos claves por los que un microorganismo se hace resistente son la aparición de mutaciones o la adquisición de nuevos genes por transferencia horizontal (fundamentalmente por conjugación, en menor medida por transformación o transducción). Los mecanismos bioquímicos de resistencia incluyen las alteraciones de la permeabilidad, la modificación del antimicrobiano, la modificación, protección o hiperproducción de la diana, la expresión de bombas de expulsión activa y la modificación de ciertas vías metabólicas. La resistencia tiene un impacto múltiple en la asistencia sanitaria: obliga al microbiólogo clínico a disponer de herramientas fiables para reconocer y analizar el problema, disminuye las opciones de tratamiento empírico y dirigido, obliga a emplear antimicrobianos de mayor espectro, contribuye al aumento de la morbimortalidad de causa infecciosa y de los costes de la atención sanitaria, y exige a corto o medio plazo el desarrollo de nuevos antimicrobianos que ayuden a controlar este grave problema.

Most bacteria contain genes involved in natural resistance to antimicrobial agents. Resistance has clinical importance when the organism is able to survive in the presence of in vivo concentrations of antimicrobial agents. Antimicrobial agents can select individual bacteria or bacterial populations that present natural or acquired resistance to them. Resistance is due to multiple genetic and biochemical causes. Two of the most important genetic processes in bacterial resistance are mutagenesis and the acquisition of new genes by horizontal transfer (usually by conjugation, and to a lesser extent transformation or transduction). Biochemical mechanisms of resistance include decreased permeability, antimicrobial modification, target change, protection or over-production, expression of efflux pumps and modifications of certain metabolic pathways. Resistance impacts the health care system in many ways: it requires that clinical microbiologists have reliable tools to detect and analyse the problem; it results in reduced options for empirical and targeted antimicrobial treatment; it forces the use of broad-spectrum antimicrobials; it increases infectious morbidity and mortality and health expenses; and it demands new antimicrobials to control this serious problem in the short term.