Isolation of fungi from the Trichosporonaceae family in urine samples from COVID-19 patients: Should we worry about it?

Abstract

Background

Trichosporon genus encompasses emergent fungal pathogens with an increased incidence that concerns potential multi-drug resistance and mortality, especially in immunocompromised patients. COVID-19 is a disease of pandemic proportions with complications related to cytokine storm and lymphopenia.

Aims

To study the isolation of fungi within the Trichosporanaceae family in patients infected with SARS-CoV-2.

Methods

In this work we recovered 35 fungal isolates belonging to the Trichosporonaceae family from urine samples of 32 patients hospitalized due to COVID-19 complications. We evaluated their mycological characteristics, as well as the patient's clinical aspects.

Results

Trichosporon asahii was the main species identified, followed by Cutaneotrichosporon jirovecii and Trichosporon inkin, respectively. The blood cultures of 20 of these patients were all negative for fungi. Isolation of Trichosporonaceae fungi in urine was associated with high COVID-19 severity. The antifungal susceptibility test showed low MIC values for voriconazole, an antifungal in the first-line treatment of trichosporonosis. In contrast, high MIC values were found in the case of amphotericin B and 5-fluorocytosine in all the species, except for C. jirovecii. Since invasive trichosporonosis was not confirmed, none of the patients were given an antifungal treatment, without affecting the outcome of the patients.

Conclusions

Our results suggest that the isolation in urine of fungi from the Trichosporonaceae family may be associated to more severe forms of the disease COVID-19, but not with an increase in death rate. However, these isolates do not seem to be linked to urinary infections, therefore no antifungal therapy is mandatory in these cases.

Resumen

Antecedentes

Trichosporon engloba un grupo de hongos patógenos emergentes cuya incidencia creciente genera preocupación debido a su potencial resistencia a múltiples fármacos y a la mortalidad que provocan, especialmente en los pacientes inmunocomprometidos. A su vez, COVID-19 es una enfermedad con complicaciones relacionadas con la tormenta de las citoquinas y la linfopenia. Sin embargo, se sabe poco sobre el aislamiento de especies de Trichosporon en los pacientes infectados por el SARS-CoV-2.

Objetivos

Estudiar el aislamiento de especies de la familia Trichosporonaceae en la orina de los pacientes infectados con SARS-CoV-2.

Métodos

En esta investigación estudiamos 35 aislamientos de la familia Trichosporonaceae aislados de muestras de orina de 32 pacientes hospitalizados por complicaciones de COVID-19. Se evaluaron tanto las características de cada aislamiento como los aspectos clínicos de los pacientes.

Resultados

Las especies identificadas fundamentalmente fueron Trichosporon asahii, seguida de Cutaneotrichosporon jirovecii y Trichosporon inkin. No se aislaron hongos de los cultivos sanguíneos de 20 de estos pacientes. El aislamiento en la orina de estos hongos de la familia Trichosporonaceae se correlacionó con una mayor gravedad por COVID-19. La prueba de sensibilidad antifúngica mostró valores de concentración mínima inhibitoria (CMI) bajos para el voriconazol, el fármaco principal para tratar la tricosporonosis. Contrariamente, los valores CMI para la anfotericina B y la 5-fluorocitosina fueron altos en todas las especies, excepto en C. jirovecii. Dado que no se diagnosticó una tricosporonosis invasiva en ninguno de los pacientes, no se instauró ningún tratamiento antifúngico, hecho que no influyó en la evolución de los pacientes.

Conclusiones

Nuestros resultados sugieren que el aislamiento de hongos de la familia Trichosporonaceae a partir de muestras de orina podría relacionarse con formas más graves de COVID-19, aunque no parece afectar la tasa de mortalidad. Sin embargo, estos aislamientos no parecen asociarse a una infección urinaria, por lo que la terapia antifúngica no es imperativa en estos casos.