La ulrasonografía endorrectal (USER) ha sido ampliamente usada en patología recto anal debido a su bajo costo, alta disponibilidad y alto rendimiento en centros especializados. Sin embargo, su principal limitación es la dependencia en la experiencia del examinador.
La técnica se caracteriza por el uso de un transductor especialmente dedicado, circular, que permite obtener imágenes axiales en 360° perpendicular al eje longitudinal del recto y ano. Su principal utilidad en la actualidad se extiende al estudio de la incontinencia fecal, generalmente producida por daño del esfínter anal por trauma obstétrico. Los desgarros propios del trauma como también la atrofia del músculo esfinteriano producto de la denervación del esfínter post parto son demostrados con alta confiabilidad.
Los procesos inflamatorios pueden también ser demostrados por este método. El trayecto fistuloso puede ser seguido en toda su extensión especialmente si es inyectado con H2O2 que lo hace más fácilmente visible. La RM sin embargo ha sido empleada con frecuencia dada la gran calidad de imágenes que pueden ser obtenidas.
En la actualidad, en el cáncer de recto su rol se limita solamente a aquellas pequeñas neoplasias en estadio T1 o en algunos casos estadios T2 cuando se planea una resección local. Sin embargo, hoy en día, la Resonancia Magnética, debido a su alta resolución espacial y de contraste tisular es el método de elección en la estadificación del cáncer rectal.