PLATEX: una herramienta bioinformática para la conversión de datos en el estudio genético de la arteriosclerosis

Fundamento

La investigación en genómica funcional de la arteriosclerosis y otras enfermedades cardiovasculares requiere del desarrollo de herramientas bioinformáticas que faciliten la gestión de información y, al mismo tiempo, que sean fácilmente accesibles a la comunidad científica. Con este objetivo, este trabajo pretende ofrecer una solución sencilla que resuelva los problemas de comunicación entre distintos instrumentos de laboratorio, relacionados con la amplificación y la secuenciación de ADN, y el análisis de polimorfismos. Y además, que facilite la preparación de datos para los estudios estadísticos ulteriores.

Métodos

Se ha utilizado como instrumento principal un analizador genético ABI PRISM® 3100, que es un sistema de electroforesis capilar automático que puede manejar hasta 16 capilares de fragmentos de ADN al mismo tiempo. El desarrollo se ha llevado a cabo mediante las macros de Microsoft Excel™, utilizando un libro del mismo como interfaz y área de trabajo. Las macros se han codificado con Microsoft Visual Basic™.

Resultados

Se ha obtenido un conjunto de macros asociado a un libro de Excel™, denominado PLATEX, que permite fundamentalmente la conversión de datos de muestras de ADN para su secuenciación y análisis por herramientas de software de ABI PRISM® 3100. El tiempo medio de proceso con macros es de 30 s, frente a las 2,5 h que puede costar el proceso manual.

Conclusiones

La herramienta desarrollada acelera determinados procesos de laboratorio en un factor de 300, se basa en Microsoft Excel™ y es fácil de modificar y adaptar para otros instrumentos y estructuras de datos.

Background

Research on the functional genomics of arteriosclerosis and other cardiovascular diseases requires bioinformatics tools to facilitate data management and, which, simultaneously, would be easyly accessible to the scientific community. Accordingly, this work aims to offer a simple solution to communication problems between different laboratory instruments, those used for DNA amplification and sequencing, and polymorphism analysis. Moreover, this solution should facilitate data preparation for further statistical studies.

Methods

The main instrument used is a Genetic Analyser ABI PRISM® 3100, an automatic system of capillary electrophoresis able to simultaneously manage up to 16 capillaries of DNA fragments. The bioinformatic tools was develop by means of Microsoft Excel™ macros using an Excel™ book as interface and work area; macros were implemented with Microsoft Visual Basic™.

Results

A macro set associated with an Excel™ book, named PLATEX, was obtained, which mainly allows DNA sample data conversion for sequencing and analysis by software tools of the ABI PRISM® 3100. The average processing time with macros was 30 seconds compared with 2.5 hours spent with the manual process.

Conclusions

The developed tool accelerates certain laboratory processes in a ratio of 300, it is based on Microsoft Excel™, andis easy to modify and adapt for other instruments and data structures.