Los integrones son sistemas de recombinación específicos de sitio responsables del reconocimiento, captura y expresión de casetes (elementos móviles constituidos por un gen carente de promotor y un lugar de recombinación específico conocido como elemento 59 bp)1,2. De forma general, estos elementos se han dividido operativamente en integrones de resistencia (IR) y superintegrones (SI)1,2. Los IR se encuentran habitualmente formando parte de transposones y/o plásmidos y contienen mayoritariamente genes de resistencia a antibióticos, mientras que los SI se localizan en el cromosoma de ciertas especies bacterianas y contienen genes asociados a múltiples funciones adaptativas1,2. Otras diferencias son el número y orientación de los casetes que contienen y la diversidad y tamaño de los elementos de 59 bp2. Hasta el momento se han descrito cinco clases de IR2. Los integrones de clase 1 son los más frecuentes, seguidos de los integrones de clase 2; respectivamente asociados a transposones de la familia de Tn3 y Tn71,2. Los integrones de clase 3 son similares a los de clase 1 y se han descrito de forma esporádica1,3. Estos tres tipos de integrones se han detectado mayoritariamente en enterobacterias, Pseudomonas y Acinetobacter, aunque también se han encontrado elementos de clase 1 en algunos microorganismos grampositivos1-3. Los integrones de clase 4 son parte del elemento SXT de Vibrio cholerae que codifica resistencia a sulfametoxazol, trimetoprima y estreptomicina2,4. Solamente se ha identificado un integrón de clase 5 en un plásmido de Vibrio salmonicida (GeneBank #AJ277063). Respecto a los SI, se han descrito más de 30 tipos en los cromosomas de Shewanella, Xantomonas, Pseudomonas, Nitrosomonas, Geobacter y Vibrio y parecen ser el origen de los IR2. En la actualidad, los IR se consideran los principales responsables de la acumulación y diseminación recientes de casetes de resistencia en el genoma bacteriano, habiendo despertado un gran interés por su implicación en la resistencia a nuevos antibióticos como cefalosporinas de amplio espectro, carbapenémicos y quinolonas. También se han relacionado con la selección y dispersión epidémica de clones de determinadas especies bacterianas (Salmonella enterica, V. cholerae). Es particularmente atractiva la capacidad de los IR para generar estructuras formadas por la asociación de diversos elementos genéticos de resistencia y/o virulencia.
En este número de la revista, Pérez-Moreno et al5 analizan la prevalencia y contenido genético de los integrones de clase 1 en aislados clínicos de S. enterica productores de betalactamasas. Los tipos de integrones encontrados en los distintos serotipos estudiados son compatibles con la presencia de elementos genéticos diseminados mundialmente6,7, y se asocian a fenotipos particulares de resistencia a antibióticos. Esta observación pone una vez más de manifiesto la importancia de los integrones en la selección de clones y/o elementos genéticos que confieren fenotipos de multirresistencia a antibióticos en este género bacteriano.
En las últimas décadas se ha producido un espectacular aumento de la incidencia de S. enterica resistente a múltiples antibióticos debido a la diseminación de elementos genéticos, que incluyen la presencia de integrones y, en algunas ocasiones, elementos de virulencia6-9. El caso más emblemático es el de la isla genética de patogenicidad SGI1 (Salmonella Genomic Island 1), un elemento de 43 kb que incluye una región en la que se localizan dos integrones de clase 1 que contienen los casetes aadA2, pse1 y sul1 que codifican respectivamente proteínas implicadas en la resistencia a estreptomicina, ampicilina y sulfisoxazol y que se hallan separados por una secuencia que incluye los genes florR, tetR y tetA, responsables de la resistencia a cloranfenicol/florfenicol y tetraciclina (fenotipo ASSuCT)6. La presencia de SGI1 se ha constatado en cinco serovares distintos de Salmonella y se ha asociado con la diseminación pandémica de S. enterica serovar Typhimurium DT104 y con la de un reducido número de clones de S. ser Paratyphi B dT+ en Canadá en los años 2000- 20016,10. Otros fenotipos de resistencia se han asociado a integrones de clase 1 portadores de blaOXA-30, y parecen ser responsables del aumento de S. enterica multirresistente del serovar Muenchen en el sur de Estados Unidos8. Un caso análogo al de SGI1 de Salmonella es el del elemento SXT de V. cholerae, perteneciente a nuevo tipo de determinantes genéticos denominados ICE (acrónimo de Integrative Conjugative Element), anteriormente considerados transposones conjugativos. Este elemento de 100 kb incluye una región de genes de resistencia a sulfametoxazol, trimetoprima, cloranfenicol y estreptomicina asociados a integrones, se encuentra presente en casi todos los aislados clínicos de V. cholerae del sudeste asiático posteriores a 19924. Tanto SGI1 como SXT no son elementos de resistencia a antibióticos sensu estricto, y se han encontrado aislados que albergan elementos variantes sensibles o con polimorfismos en las regiones de resistencia. Aunque no se han descrito los factores que han motivado su amplia presencia en el medio ambiente, el éxito obtenido parece haber favorecido la diseminación de los integrones y/o casetes que están contenidos en ellos. También se han descrito elementos conjugativos de Salmonella originados por la fusión de un plásmido de virulencia y otro de resistencia. Estos plásmidos contienen dos replicones diferentes que podrían ampliar su espectro de hospedador y con ello, las posibilidades de propagación9.
Además de su presencia en elementos conjugativos cromosómicos o plasmídicos relacionados con virulencia, la asociación de integrones de clase 1 con secuencias de inserción (IS) y/o recombinasas ha dado lugar a la formación de estructuras quiméricas con múltiples sitios de recombinación, que aumentan tanto las posibilidades de nuevas capturas génicas como su capacidad para la transferencia horizontal. Uno de los ejemplos de mayor actualidad es el de los integrones de tipo In6 e In7, caracterizados por la duplicación del extremo 39 del integrón y la presencia de una presumible recombinasa denominada ORF513. Este tipo de elementos son los responsables de la reciente diseminación pandémica de genes de resistencia a cefalosporinas de amplio espectro como algunas cefotaximasas (blaCTXM-2, blaCTXM-9) y cefamicinasas (blaDHA-1, blaCMY-9, blaCMY-10, blaCMY-11) y la transferencia horizontal de la resistencia a quinolonas (qnrA)11-13. Otros ejemplos de estructuras formadas por la asociación de integrones con IS y/o transposones se han relacionado con la diseminación epidémica de plásmidos conjugativos o elementos transponibles que contienen diversos genes de resistencia. Algunos ejemplos son las islas genéticas de resistencia formadas por integrones de clase 1, IS26 y betalactamasas de espectro extendido (BLEE) en plásmidos IncL/M de S. enterica Typhimurium y Klebsiella oxytoca y que son responsables de la persistencia de BLEE en estas especies en algunas instituciones hospitalarias14,15; la estructura quimérica formada por Tn1935 (aphIII), el integrón de clase 1 oxa1aadA1 y, eventualmente, un integrón de tipo In6, presente en plásmidos IncFI de aislados clínicos de S. enterica Typhimurium con fenotipo ACSSuTK (ampicilina-cloranfenicol-estreptomicina-sulfisoxazol-tetraciclina-kana-micina) detectados desde 1972 en áreas geográficas muy distantes16,17 o el transposón de tipo Tn5051, responsable de la diseminación reciente de Pseudomonas aeruginosa resistentes a carbapenémicos en Europa18. En el ámbito comunitario, uno de los ejemplos más característicos es la estructura formada por integrones de clase 1 y Tn1721 (tet) presente en el plásmido pRAS1 detectado en aislados de Aeromonas salmonicida de piscifactorías de los cinco continentes desde la década de los setenta19.
La presencia de IR en plásmidos conjugativos y/o transposones diseminados mundialmente y descritos con anterioridad a la era antibiótica podría explicar su rápida dispersión en las últimas décadas. De hecho, la baja diversidad y gran estabilidad temporal de la estructura de los integrones de clase 1 y 2 en aislados clínicos resistentes a antibióticos de las últimas dos décadas apoyaría la hipótesis de episodios de selección de un pequeño número de unidades de captura génica ocurrida en el medio hospitalario como consecuencia del uso de antibióticos20, aunque no se pueda excluir que la adquisición de ciertos integrones proporcione ventajas adaptativas no relacionadas con la resistencia. Debemos tener presente que también existe una gran heterogeneidad genética y genómica en los integrones, tanto en casetes correspondientes a un mismo gen (como son los casos de blaOXA-1-32, blaIMP-1-13, aadA1-17 o dfrA1-17) como en la organización de integrones que albergan casetes idénticos, habiéndose descrito incluso la presencia de un mismo casete, dfrA1, en integrones de diferentes clases1,2,21. Además, se han aislado recientemente nuevas clases de integrones y de casetes no asociados a resistencia a antibióticos en zonas no sometidas a presión selectiva aparente22,23. En general, estamos asistiendo a una espectacular diseminación tanto de genes de resistencia como de vehículos de transmisión horizontal en el ámbito extrahospitalario, probablemente como consecuencia de una selección intensa y múltiple. La funcionalidad de casetes procedentes del medio ambiente o de superintegrones en integrones de clase 124,25 indica el inmenso arsenal genético existente para cubrir las necesidades de adaptación bacteriana a múltiples situaciones y, en particular, la importancia de estos elementos para la comprensión del origen y la rápida diseminación de la resistencia a antibióticos.
La presencia de integrones presenta aspectos de interés desde el punto de vista del tratamiento antimicrobiano y la política de control de infección hospitalaria. En primer lugar, la flexibilidad del sistema casete/integrón permite la adquisición y el intercambio de casetes bajo diferentes presiones selectivas, lo que podría desaconsejar la aplicación de las políticas de uso cíclico de antibióticos que pueden seleccionar diversos elementos de resistencia y favorecer la persistencia de bacterias multirresistentes. En segundo lugar, la resistencia a múltiples antibióticos en aislados clínicos de enterobacterias está asociada a cepas que contienen integrones, existiendo una eficaz diseminación de los fenotipos de resistencia entre diferentes especies de esta familia26. Por último, el aumento de infecciones causadas por enterobacterias y Pseudomonas de origen extrahospitalario portadoras de estructuras quiméricas (In60, In35 o Tn5051, respectivamente) y casetes que confieren resistencia a antibióticos de uso animal, puede contribuir a amplificar el número de genes y unidades de diseminación en el metagenoma hospitalario11,18,27.
En resumen, el artículo de Pérez-Moreno et al5 refleja los aspectos más relevantes asociados con la implicación de los integrones en la resistencia a los agentes antimicrobianos en la actualidad. Es predecible que en los próximos años asistamos a la descripción no sólo de nuevos integrones y casetes de resistencia sino a la de nuevos vehículos que faciliten su diseminación (transposones, plásmidos, ICE e, incluso, hospedadores), vehículos ya presentes actualmente en el medio ambiente y no suficientemente amplificados y/o detectados. La caracterización molecular de todos los elementos de captura génica implicados en la diseminación de genes de resistencia y el estudio de los factores asociados con su diseminación en los diferentes ecosistemas resultará imprescindible para comprender y controlar el problema de la resistencia a los agentes antimicrobianos.
