Las técnicas de tipificación molecular son útiles en la vigilancia y control de brotes porque permiten conocer la clonalidad entre aislados, identificar reservorios y determinar vías de transmisión. La electroforesis en campo pulsado (ECP) es la técnica de referencia de tipificación debido a que tiene un elevado poder de discriminación. Entre las limitaciones más importantes de la ECP están el elevado coste del equipo, su laboriosidad y el tiempo necesario para analizar los pulsotipos. Aunque hay numerosas técnicas de tipificación basadas en la reacción en cadena de la polimerasa (PCR), la más utilizada es la PCR de secuencias de ADN repetidas (REP-PCR). Estas técnicas son más económicas, menos laboriosas (algunas son semiautomatizadas y están comercializadas, como el Diversilab de bioMérieux), y suelen generar patrones de bandas relativamente más fáciles de interpretar que la ECP. El poder de discriminación de las técnicas de PCR puede ser inferior o similar al de la ECP. Tanto la ECP como las técnicas de PCR tienen que optimizarse o estandarizarse en el laboratorio para garantizar una buena reproducibilidad. Para el estudio de brotes pequeños y de corta evolución, en los que interesa obtener una información con rapidez, es preferible utilizar una técnica de PCR. En brotes más complejos y de mayor duración, en los que interesa conocer además la evolución o dinámica de los clones con el tiempo, es más rentable utilizar la ECP. Los métodos de tipificación basados en la secuenciación del ADN, como el MLST, se utilizan para estudios epidemiológicos globales o para analizar la estructura poblacional de los microorganismos.
Molecular typing methods are useful in the surveillance and control of nosocomial outbreaks because they can provide information on the clonal relatedness among isolates, identify reservoirs, and determine routes of transmission. The gold standard assay for molecular typing is pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) due to its high discriminatory power. Some major disadvantages of PFGE include the high cost of the equipment, its labor intensiveness (the technique is not automated) and the time required to analyze the profiles of DNA bands (pulsotypes). Although there are many molecular typing methods based on polymerase-chain reaction (PCR), the most widely used is repetitive sequence-based PCR (REP-PCR). Most of the PCR techniques used for molecular typing have none of the limitations of PFGE as they are less expensive and labor intensive (some, such as bioMérieux's Diversilab system, are commercially available) and generate DNA profiles that are easier to interpret, depending on the microorganism. The discriminatory power of PCR is generally lower than or similar to that of PFGE. Both PFGE and PCR require optimal laboratory standardization to guarantee good reproducibility. PCR methods are preferable in the study of small, timelimited outbreaks. In more complex outbreaks of longer duration, in which clonal evolution and dynamics are studied, the use of PFGE is preferable. Molecular typing methods based on DNA sequencing, such as multilocus sequence typing, are applicable in global epidemiological studies or in analyses of the population structure of microorganisms.
