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Inicio Medicina de Familia. SEMERGEN Aplicación del valor umbral del número de ciclos (Ct) de PCR en la COVID-19
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Aplicación del valor umbral del número de ciclos (Ct) de PCR en la COVID-19
Application of the PCR number of cycle threshold value (Ct) in COVID-19
A. Serrano-Cumplidoa,
Autor para correspondencia
adal1953@hotmail.com

Autor para correspondencia.
, A. Ruiz Garciab, A. Segura-Fragosoc, V. Olmo-Quintanad, R.M. Micó Péreze, A. Barquilla-Garcíaf, A. Morán-Bayóng
a Licenciado en medicina, Getxo, Bizkaia, España
b Medicina Familiar y Comunitaria, Centro de Salud Universitario de Pinto, Servicio Madrileño de Salud, Madrid, España
c Universidad de Castilla-La Mancha,Toledo, España
d Servicio de Farmacia, Gerencia AP Gran Canaria (SFAP). Comité Ético Investigación con medicamento, Hospital Universitario de Gran Canaria Dr. Negrín (CEI/CEIm), Servicio Canario de Salud, Las Palmas, España
e Medicina Familiar y Comunitaria, Consultorio local Fontanars dels Alforins, Agència Valenciana de Salut, Valencia, España
f Medicina Familiar y Comunitaria, EAP de Trujillo, Servicio Extremeño de Salud, Cáceres, España
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    "textoCompleto" => "<span class="elsevierStyleSections"><span id="sec0005" class="elsevierStyleSection elsevierViewall"><span class="elsevierStyleSectionTitle" id="sect0025">Introducci&#243;n</span><p id="par0005" class="elsevierStylePara elsevierViewall">El 11 de marzo de 2020<a class="elsevierStyleCrossRef" href="#bib0160"><span class="elsevierStyleSup">1</span></a>&#44; el director general de la OMS declar&#243; el car&#225;cter de pandemia a la enfermedad COVID-19&#44; que causaba un s&#237;ndrome respiratorio agudo severo &#40;SARS&#41; provocado por la infecci&#243;n ocasionada por un nuevo coronavirus &#40;SARS-CoV-2&#41;<a class="elsevierStyleCrossRef" href="#bib0165"><span class="elsevierStyleSup">2</span></a>&#44; identificado inicialmente en Wuhan&#44; China&#44; en diciembre del 2019&#46; En la actualidad &#40;05&#46;04&#46;2021&#41;&#44; la enfermedad COVID-19 afecta a 224 pa&#237;ses y ha provocado 132&#46;730&#46;691 casos confirmados y 2&#46;880&#46;726 fallecidos&#44; a pesar de haberse administrado en el mundo 650&#46;382&#46;819 dosis de vacuna frente al SARS-CoV-2<a class="elsevierStyleCrossRef" href="#bib0170"><span class="elsevierStyleSup">3</span></a>&#46;</p><p id="par0010" class="elsevierStylePara elsevierViewall">La propagaci&#243;n de la COVID-19 se ha visto favorecida porque en el espacio aproximado de 2 semanas&#44; tras un periodo de incubaci&#243;n de 5&#44;1<span class="elsevierStyleHsp" style=""></span>d&#237;as &#40;IC95&#37;&#58; 4&#44;5-5&#44;8&#41;&#44; surge otro periodo de 11&#44;5<span class="elsevierStyleHsp" style=""></span>d&#237;as &#40;IC95&#37;&#58; 8&#44;2-15&#44;6&#41; durante el cual las manifestaciones cl&#237;nicas ir&#225;n apareciendo en aquellos pacientes que finalmente sean sintom&#225;ticos aunque&#44; en el 1&#37; de estos&#44; los s&#237;ntomas pueden aparecer a partir del d&#237;a 14 de seguimiento mientras que tan solo el 2&#44;5&#37; de los pacientes sintom&#225;ticos los desarrollar&#225;n durante los 2&#44;2 primeros d&#237;as de infecci&#243;n &#40;IC95&#37;&#58; 1&#44;8-2&#44;9&#41;<a class="elsevierStyleCrossRef" href="#bib0175"><span class="elsevierStyleSup">4</span></a>&#46;</p><p id="par0015" class="elsevierStylePara elsevierViewall">Por otra parte&#44; las personas infectadas empiezan a eliminar cantidades significativas de virus desde 3 d&#237;as antes de ser sintom&#225;ticas&#44; presentando su pico m&#225;ximo durante el d&#237;a anterior al de su manifestaci&#243;n cl&#237;nica<a class="elsevierStyleCrossRef" href="#bib0180"><span class="elsevierStyleSup">5</span></a>&#46;</p><p id="par0020" class="elsevierStylePara elsevierViewall">Finalmente&#44; la propagaci&#243;n tambi&#233;n se favorece porque una sexta parte &#40;15&#44;6&#37;&#41; de la poblaci&#243;n afectada no manifiesta cl&#237;nica infecciosa<a class="elsevierStyleCrossRef" href="#bib0185"><span class="elsevierStyleSup">6</span></a>&#46;</p><p id="par0025" class="elsevierStylePara elsevierViewall">Por ello&#44; no solo es muy importante detectar precozmente y aislar a los infectados para favorecer su control y tratamiento&#44; sino tambi&#233;n para adoptar aquellas medidas que minimicen la transmisi&#243;n del virus&#44; identificando aquellos sujetos que tienen capacidad de infectar&#46; La prueba de referencia para identificar la presencia del SARS-CoV-2 es la reacci&#243;n en cadena de la polimerasa con transcriptasa inversa &#40;RT-qPCR&#41;&#44; que ha demostrado una gran sensibilidad y especificidad<a class="elsevierStyleCrossRef" href="#bib0190"><span class="elsevierStyleSup">7</span></a>&#44; siendo una prueba asequible en nuestro medio&#44; aunque no ocurre lo mismo en otras partes del mundo<a class="elsevierStyleCrossRef" href="#bib0195"><span class="elsevierStyleSup">8</span></a>&#46;</p></span><span id="sec0010" class="elsevierStyleSection elsevierViewall"><span class="elsevierStyleSectionTitle" id="sect0030">Reacci&#243;n en cadena de la polimerasa con transcriptasa inversa &#40;RT-qPCR&#41;</span><p id="par0030" class="elsevierStylePara elsevierViewall">La PCR <span class="elsevierStyleItalic">&#40;Polymerase Chain Reaction&#41;</span> permite la amplificaci&#243;n e identificaci&#243;n de secuencias espec&#237;ficas de material gen&#233;tico del ADN&#46; Aunque es utilizada para identificar la presencia de virus como el SARS-CoV-2&#44; es incapaz de determinar la viabilidad del mismo&#46; La RT-qPCR o RT-PCR a tiempo real aporta beneficios a&#241;adidos sobre otras t&#233;cnicas destacando su habilidad para monitorizar el progreso de la reacci&#243;n de la RT-PCR en tiempo real&#44; la cuantificaci&#243;n realizada en cada uno de los ciclos y que la amplificaci&#243;n y la detecci&#243;n concurren en un solo tubo&#44; por lo que se elimina otro tipo de manipulaci&#243;n posterior<a class="elsevierStyleCrossRef" href="#bib0200"><span class="elsevierStyleSup">9</span></a>&#46;</p><p id="par0035" class="elsevierStylePara elsevierViewall">El proceso se inicia por la adquisici&#243;n de la muestra adecuada&#44; con mayor presencia del virus en las muestras de esputo en comparaci&#243;n con las muestras nasales o las orofar&#237;ngeas<a class="elsevierStyleCrossRef" href="#bib0205"><span class="elsevierStyleSup">10</span></a>&#46; En la muestra obtenida&#44; es preciso realizar un proceso que elimine sustancias acompa&#241;antes&#44; dejando una mezcla del ARN viral y de material gen&#233;tico del paciente&#46; En este instante y como parte fundamental del proceso&#44; se ha de realizar la transcripci&#243;n inversa del ARN mediante acci&#243;n enzim&#225;tica para conseguir el ADN&#44; que es el que permitir&#225; ser amplificado y copiado<a class="elsevierStyleCrossRef" href="#bib0210"><span class="elsevierStyleSup">11</span></a>&#46; En cada uno de los ciclos &#40;habitualmente se realizan hasta 40 ciclos&#41; existen 3 pasos&#46; <span class="elsevierStyleItalic">1&#46; Desnaturalizaci&#243;n&#58;</span> se realiza incubaci&#243;n a alta temperatura para que persista una sola hebra del ADN&#46; <span class="elsevierStyleItalic">2&#46; Emparejamiento&#58;</span> se a&#241;aden fragmentos gen&#233;ticos denominados cebadores&#44; imprimaciones o <span class="elsevierStyleItalic">primers</span> que suelen estar compuestos por 18-24 nucle&#243;tidos complementarios a secuencias espec&#237;ficas del ADN y que&#44; preferentemente&#44; hibridan a exones situados a ambos lados de un intr&#243;n&#46; En el caso de que los cebadores se complementen con las secuencias espec&#237;ficas&#44; se formar&#225;n puentes de hidr&#243;geno entre las bases emparejadas&#46; Algunos de los fragmentos participar&#225;n en las futuras amplificaciones mientras que otros&#44; previamente marcados y capaces de emitir una se&#241;al fluorescente en presencia de su objetivo&#44; ser&#225;n los que detecten la presencia del virus o de sus fragmentos&#46; La temperatura a la que se desarrolla esta fase se corresponde con la temperatura de disoluci&#243;n de los cebadores&#46; <span class="elsevierStyleItalic">3&#46; Extensi&#243;n o elongaci&#243;n&#58;</span> la actividad &#243;ptima de la polimerasa&#44; enzima capaz de transcribir o replicar &#225;cidos nucleicos&#44; se produce a temperaturas de 70-72<span class="elsevierStyleHsp" style=""></span>&#176;C&#46;</p><p id="par0040" class="elsevierStylePara elsevierViewall">Los ciclos se van repitiendo consecutivamente&#44; copiando las partes espec&#237;ficas del ADN viral hasta que el sistema detecta la presencia de la diana molecular estudiada&#46; Si es que se alcanzara el ciclo 40&#44; el n&#250;mero de copias creado ser&#237;a de 1&#46;100<span class="elsevierStyleHsp" style=""></span>&#215;<span class="elsevierStyleHsp" style=""></span>10<span class="elsevierStyleSup">9</span> copias nuevas de las partes valoradas del ADN&#46;</p><p id="par0045" class="elsevierStylePara elsevierViewall">La lectura de los resultados llega por la interpretaci&#243;n &#40;por el sistema&#41; de la intensidad de la se&#241;al fluorescente en el momento que se identifique la presencia de la secuencia gen&#233;tica correspondiente al virus&#46; Para ello&#44; es preciso determinar una lectura basal utilizada como referencia&#44; que se establece con los primeros ciclos &#40;habitualmente entre el 3 y el 15&#41;&#44; en los que los cambios de la se&#241;al fluorescente suelen ser m&#237;nimos&#46; A partir de aqu&#237;&#44; hay que calcular el umbral entendido como el nivel de la se&#241;al fluorescente que representa un incremento estad&#237;sticamente significativo respecto al nivel basal&#46;</p><p id="par0050" class="elsevierStylePara elsevierViewall">El umbral de ciclos o <span class="elsevierStyleItalic">cycle threshold</span> &#40;Ct&#41; es el n&#250;mero de ciclos en el que la se&#241;al fluorescente cruza este umbral&#46; Para valorar la presencia del virus en la muestra&#44; se determina el n&#250;mero de ciclos Ct de RT-qPCR necesarios para que la prueba resulte positiva&#44; es decir&#44; indica el momento preciso de la amplificaci&#243;n en el que la prueba es capaz de identificar la presencia de la diana molecular investigada&#44; sin indicar la cantidad presente&#46; As&#237;&#44; el Ct es un valor semicuantitativo inversamente relacionado con la cantidad de ARN de la muestra&#44; de manera que un n&#250;mero bajo de Ct est&#225; relacionado con mayor carga viral y viceversa<a class="elsevierStyleCrossRef" href="#bib0215"><span class="elsevierStyleSup">12</span></a>&#46;</p><p id="par0055" class="elsevierStylePara elsevierViewall">La RT-qPCR permite detectar cargas virales muy bajas &#40;20-100 copias de ARN&#47;mL&#41; siempre que la muestra se tome de forma adecuada y con la suficiente concentraci&#243;n viral<a class="elsevierStyleCrossRef" href="#bib0220"><span class="elsevierStyleSup">13</span></a> y&#44; por otra parte&#44; es capaz de diferenciar microorganismos aunque estos tengan ciertas similitudes&#46; La RT-qPCR ha mostrado una especificidad del 100&#37; y una sensibilidad del 91&#44;8&#37; &#40;83&#44;8-96&#44;6&#41;<a class="elsevierStyleCrossRef" href="#bib0225"><span class="elsevierStyleSup">14</span></a>&#44; debi&#233;ndose su variabilidad a distintos factores como son la precisi&#243;n mostrada por el test en funci&#243;n de la diana molecular utilizada&#44; el tipo y calidad de la muestra&#44; o al tiempo transcurrido desde el inicio de la infecci&#243;n y la toma de la muestra<a class="elsevierStyleCrossRef" href="#bib0230"><span class="elsevierStyleSup">15</span></a>&#46; Una de las oportunidades que ofrece esta prueba es la posibilidad de dirigirla a identificar 2 o 3 dianas moleculares del SARS-CoV-2&#44; lo que evita las reacciones cruzadas con otros coronavirus end&#233;micos y minimiza los falsos positivos al realizar la amplificaci&#243;n y detecci&#243;n de manera simult&#225;nea<a class="elsevierStyleCrossRef" href="#bib0235"><span class="elsevierStyleSup">16</span></a>&#46;</p><p id="par0060" class="elsevierStylePara elsevierViewall">Existen algunas limitaciones al interpretar el valor Ct&#44; como ser&#237;an el no expresarse con unos valores lineales&#44; la dependencia del resultado con el tipo y calidad de la toma&#44; as&#237; como con el manejo de la muestra&#44; o variaciones significativas inter- e intraprueba<a class="elsevierStyleCrossRef" href="#bib0240"><span class="elsevierStyleSup">17</span></a>&#46; A todo ello hay que a&#241;adir que la m&#225;xima carga viral&#44; alcanzada antes de manifestarse los s&#237;ntomas&#44; se mantiene hasta el 3&#46;<span class="elsevierStyleSup">er</span>-5&#46;<span class="elsevierStyleSup">o</span> d&#237;a tras la aparici&#243;n de los mismos para&#44; posteriormente&#44; ir decayendo hasta hacerse indetectable &#40;la duraci&#243;n media de la replicaci&#243;n viral suele ser de 17 d&#237;as &#91;IC95&#37;&#58;15&#44;5-18&#44;6&#41;<a class="elsevierStyleCrossRefs" href="#bib0245"><span class="elsevierStyleSup">18&#8211;20</span></a>&#44; la existencia de un ciclo circadiano de la carga viral<a class="elsevierStyleCrossRef" href="#bib0260"><span class="elsevierStyleSup">21</span></a> o la mayor duraci&#243;n de la infecci&#243;n en las nuevas variantes del SARS-CoV-2 &#40;como la B&#46;1&#46;1&#46;7&#41;<a class="elsevierStyleCrossRef" href="#bib0265"><span class="elsevierStyleSup">22</span></a>&#46; Por otra parte&#44; el valor Ct no se debe utilizar en la cuantificaci&#243;n de la carga viral<a class="elsevierStyleCrossRef" href="#bib0270"><span class="elsevierStyleSup">23</span></a>&#44; y la identificaci&#243;n de las dianas moleculares no implica la viabilidad del virus ni&#44; por lo tanto&#44; su contagiosidad<a class="elsevierStyleCrossRef" href="#bib0275"><span class="elsevierStyleSup">24</span></a>&#44; por lo que la interpretaci&#243;n del valor Ct hay que tomarlo con precauci&#243;n y siempre en el contexto cl&#237;nico del paciente&#46;</p></span><span id="sec0015" class="elsevierStyleSection elsevierViewall"><span class="elsevierStyleSectionTitle" id="sect0035">Valor del Ct en la predicci&#243;n de la evoluci&#243;n en pacientes COVID-19</span><p id="par0065" class="elsevierStylePara elsevierViewall">Aunque los valores del Ct se distribuyen de forma similar con independencia de la gravedad de la enfermedad<a class="elsevierStyleCrossRef" href="#bib0280"><span class="elsevierStyleSup">25</span></a>&#44; un estudio retrospectivo realizado en Nueva York mostr&#243; la relaci&#243;n entre el valor del Ct y la mortalidad o la necesidad de intubaci&#243;n &#40;<a class="elsevierStyleCrossRef" href="#tbl0005">tabla 1</a>&#41;&#44; asoci&#225;ndose de forma independiente el valor Ct<span class="elsevierStyleHsp" style=""></span>&#60;<span class="elsevierStyleHsp" style=""></span>25 &#40;en comparaci&#243;n con Ct<span class="elsevierStyleHsp" style=""></span>&#62;<span class="elsevierStyleHsp" style=""></span>30&#41; tanto con la mortalidad intrahospitalaria &#91;OR<span class="elsevierStyleInf">ajustado</span><span class="elsevierStyleHsp" style=""></span>&#61;<span class="elsevierStyleHsp" style=""></span>6&#44;05 &#40;IC 95&#37;&#58; 2&#44;92-12&#44;52&#41;&#93; como con la necesidad de intubaci&#243;n &#91;OR<span class="elsevierStyleInf">ajustado</span><span class="elsevierStyleHsp" style=""></span>&#61;<span class="elsevierStyleHsp" style=""></span>2&#44;73 &#40;1&#44;68-4&#44;44&#41;&#93;<a class="elsevierStyleCrossRef" href="#bib0285"><span class="elsevierStyleSup">26</span></a>&#46;</p><elsevierMultimedia ident="tbl0005"></elsevierMultimedia></span><span id="sec0020" class="elsevierStyleSection elsevierViewall"><span class="elsevierStyleSectionTitle" id="sect0040">Valor del Ct en la identificaci&#243;n de la viabilidad del virus</span><p id="par0070" class="elsevierStylePara elsevierViewall">Los datos no siempre son coincidentes por las limitaciones previamente descritas&#46; Bullard et al&#46; no consiguieron cultivar el virus con valores de Ct<span class="elsevierStyleHsp" style=""></span>&#62;<span class="elsevierStyleHsp" style=""></span>24 &#40;muestras almacenadas a &#8722;80<span class="elsevierStyleHsp" style=""></span>&#176;C durante 2-4 semanas&#41;&#44; encontrando una disminuci&#243;n de la odds ratio del 32&#37; por cada incremento de 1 unidad del valor Ct<a class="elsevierStyleCrossRef" href="#bib0290"><span class="elsevierStyleSup">27</span></a>&#46; Otros estudios s&#237; consiguieron cultivar el virus con valores mayores del Ct &#40;en el 70&#37; de los pacientes con Ct<span class="elsevierStyleHsp" style=""></span>&#61;<span class="elsevierStyleHsp" style=""></span>25&#59; en el 20&#37; con Ct<span class="elsevierStyleHsp" style=""></span>&#61;<span class="elsevierStyleHsp" style=""></span>30&#44; o en el 3&#37; con Ct<span class="elsevierStyleHsp" style=""></span>&#61;<span class="elsevierStyleHsp" style=""></span>35&#41;<a class="elsevierStyleCrossRef" href="#bib0295"><span class="elsevierStyleSup">28</span></a>&#44; mientras que otros autores refirieron una probabilidad de recuperar virus viables en el 8&#44;3&#37; de los pacientes con Ct<span class="elsevierStyleHsp" style=""></span>&#62;<span class="elsevierStyleHsp" style=""></span>35 cuando eran sintom&#225;ticos<a class="elsevierStyleCrossRef" href="#bib0190"><span class="elsevierStyleSup">7</span></a>&#46; Comparando los valores del Ct seg&#250;n la capacidad de replicaci&#243;n del virus &#40;replicaci&#243;n vs&#46; no replicaci&#243;n&#41;&#44; los valores del Ct &#40;media<span class="elsevierStyleHsp" style=""></span>&#177;<span class="elsevierStyleHsp" style=""></span>desviaci&#243;n est&#225;ndar y mediana&#41; eran de 18&#44;8<span class="elsevierStyleHsp" style=""></span>&#177;<span class="elsevierStyleHsp" style=""></span>3&#44;4 y 18&#44;17 cuando se consigui&#243; replicaci&#243;n vs&#46; 27&#44;1<span class="elsevierStyleHsp" style=""></span>&#177;<span class="elsevierStyleHsp" style=""></span>8&#44;7 y 27&#44;5 cuando no se consigui&#243;&#44; aunque con claras excepciones &#40;en el 11&#44;9&#37; de las muestras con Ct<span class="elsevierStyleHsp" style=""></span>&#60;<span class="elsevierStyleHsp" style=""></span>20 no se pudo replicar el virus&#41;<a class="elsevierStyleCrossRef" href="#bib0300"><span class="elsevierStyleSup">29</span></a>&#46;</p><p id="par0075" class="elsevierStylePara elsevierViewall">La estrategia del Ministerio de Sanidad admite la opci&#243;n de valorar el Ct en los pacientes con RT-qPCR positiva&#44; aceptando el criterio de que un Ct entre 31 y 35 equivaldr&#237;a a una carga viral sin capacidad infectiva aunque&#44; dada la heterogeneidad de la muestra tomada &#40;t&#233;cnica de adquisici&#243;n y localizaci&#243;n de la toma&#41; y de los diferentes sistemas comercializados&#44; ser&#225; cada laboratorio el que tenga que validar la prueba y marcar el umbral de ciclos que consideran definitorio de la alta o baja carga viral<a class="elsevierStyleCrossRef" href="#bib0305"><span class="elsevierStyleSup">30</span></a>&#46; A pesar de ello&#44; persisten dudas sobre cu&#225;ndo y c&#243;mo incorporar al paciente a su actividad social de la forma m&#225;s segura&#46; En un intento de resolverlo&#44; se ha estratificado en 4 grupos a los pacientes con RT-PCR positiva &#40;<a class="elsevierStyleCrossRef" href="#fig0005">fig&#46; 1</a>&#41;&#44; en funci&#243;n del valor del Ct y de su relaci&#243;n con la carga viral y la persistencia de virus viable&#58; altamente contagioso&#59; moderadamente contagioso&#59; zona de indecisi&#243;n&#59; no infeccioso&#46; Existe una zona de indecisi&#243;n&#44; con valores Ct<span class="elsevierStyleHsp" style=""></span>&#61;<span class="elsevierStyleHsp" style=""></span>34-37&#44; en los que ser&#237;a preciso repetir la prueba en unos d&#237;as y vigilar la aparici&#243;n de s&#237;ntomas&#46; Tampoco hay que descartar la posibilidad de que valores Ct<span class="elsevierStyleHsp" style=""></span>&#62;<span class="elsevierStyleHsp" style=""></span>37 manifiesten una infecci&#243;n temprana con carga viral baja&#46; Un Ct<span class="elsevierStyleHsp" style=""></span>&#62;<span class="elsevierStyleHsp" style=""></span>35 podr&#237;a ser considerado como valor permisivo para la reincorporaci&#243;n social&#44; aunque es preciso analizarlos en su contexto cl&#237;nico y epidemiol&#243;gico<a class="elsevierStyleCrossRef" href="#bib0310"><span class="elsevierStyleSup">31</span></a>&#46;</p><elsevierMultimedia ident="fig0005"></elsevierMultimedia><p id="par0080" class="elsevierStylePara elsevierViewall">En resumen&#44; conocer el n&#250;mero indicativo del valor Ct&#44; junto a su validaci&#243;n por el laboratorio responsable&#44; mejorar&#225; la toma de decisiones con mayores garant&#237;as tanto en la predicci&#243;n cl&#237;nica como en la incorporaci&#243;n del paciente a sus actividades sociales&#46;</p></span><span id="sec0025" class="elsevierStyleSection elsevierViewall"><span class="elsevierStyleSectionTitle" id="sect0045">Conflicto de intereses</span><p id="par0085" class="elsevierStylePara elsevierViewall">Los autores declaran no tener ning&#250;n conflicto de intereses&#46;</p></span></span>"
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ISSN: 11383593
Idioma original: Español
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