Introducción: En análisis MLST los aislamientos colombianos de H. pylori se agrupan con la población HpEuropa y con la subpoblación HspWestAfrica; sin embargo, los estudios de ancestría han sugerido la presencia de componentes específicos de población en H. pylori en Colombia.
Objetivo: Realizar un análisis filiogenómico para describir la estructura poblacional de aislamientos colombianos de H. pylori.
Materiales y métodos: Se secuenciaron 103 aislamientos de individuos de Bogotá y Tunja en un equipo MiSeq, se usó el kit Nextera XT para preparar las librerías. Las lecturas se depuraron con fastQC, fast X y ngsShort, los contigs y scafolds se ensamblaron con A5 Pipeline y se anotaron en RAST. El análisis filogenómico de las secuencias colombianas de 34 genomas de referencia de NCBI se hizo con Gegenees y Splitstree4, y el análisis de diversidad con DNAsp.
Resultados: El árbol filogenómico mostró agrupamiento de las cepas colombianas con la subpoblación HspWestAfrica y la población HpEuropa, se observaron cinco clados formados exclusivamente por cepas colombianas, sugiriendo la presencia de líneas evolutivas independientes en Colombia. Los análisis de diferenciación genética de alpA, horB y vacA confirmaron la presencia de clados independientes. Adicionalmente, la diversidad nucleotídica de las cepas colombianas fue menor que la de las cepas de referencia.
Conclusiones: La presencia de linajes específicos sugiere la existencia de una subpoblación hspColombia que emergió de una pequeña población ancestral y relativamente aislada que surgió del mestizaje en Colombia.
