Introducción: Se han identificado 63 variantes comunes de riesgo asociadas con cáncer colorrectal (CCR) en estudios de genoma completo (GWAS) en poblaciones europeas y asiáticas, y los genes de alta penetrancia son responsables del 5% de los casos. Juntos no explican la heredabilidad en CCR (∼ 35%).
Objetivo: Descubrir nuevas variantes comunes asociadas al riesgo de tumores colorrectales aprovechando el alto grado de mezcla de poblaciones latinas.
Materiales y métodos: Se realizó análisis de asociación de genes candidatos (CG) y GWAS en un estudio que incluyó 313 casos de CCR, 200 casos de pólipos adenomatosos (PA) y 506 controles de seis ciudades colombianas. Se evaluó el papel de estas variantes comunes mediante análisis básicos de asociación por SNP (X2) y regresiones logísticas ajustadas por edad y ancestría. Los SNP seleccionados fueron genotipados por TaqMan en muestras adicionales.
Resultados: La ancestría europea se asoció al riesgo de PA, mientras que la ancestría africana se asoció al riesgo de PA y CCR (P ≤ 0,01). En los análisis de regresión logística ajustados del estudio CG, el alelo menor (A) del SNP 14q11.2:rs1760898 (C/A) se asoció al riesgo de CCR (OR 0,48; 95% CI 0,33-0,69; P nominal=6,8 x 10-5; P 1.000 permutaciones=0,03); esta asociación se mantuvo en los análisis con muestras adicionales (P=0,01). En los análisis básicos de asociación por SNP (X2) del estudio tipo GWAS, el alelo menor (A) del SNP 17q25.3:rs1065768 (G/A) se asoció al riesgo de PA (OR 0,35, 95% CI 0,24-0,51; P nominal=3,4 x 10-8; P corregida por Bonferroni=0,02). Esta asociación persistió después de realizar un ajuste por edad, proporciones de ancestría (globales, en el cromosoma 17 y en el locus 17q25) y los 10 primeros componentes principales (PC) de la variabilidad genética (P=3,6 x 10-4); igualmente, se mantuvo en los análisis con muestras adicionales (P=9,5 x 10-5).
Conclusiones: El SNP rs1760898 (TEP1, Telomerase Associated Protein 1) confiere un cambio de Asparagina (Asn) por Lisina (Lys) dentro del dominio TROVE de unión a RNA; este cambio podría afectar la actividad de la telomerasa importante en cáncer. El SNP rs1065768 (3’UTR TK1, Thymidine kinase 1) podría afectar la estabilidad del mRNA y producción proteíca de TK1, importante en la síntesis de DNA. Estos resultados son un aporte importante para avanzar en el entendimiento de las bases biológicas del desarrollo tumoral colorrectal y contribuyen al conocimiento general del papel de la heredabilidad en CCR.
