Los dermatofitos pertenecen al pequeño grupo de microorganismos con los que casi todos los humanos se infectan en algún periodo de su vida19. Los recientes estudios moleculares han demostrado que los cuatro géneros anamórficos tradicionales de la familia Arthrodermataceae (Onygenales): Trichophyton, Microsporum, Epidermophyton y Chrysosporium, no son todos ellos monofiléticos. Por ejemplo, en los árboles filogenéticos de diferentes secuencias de ADN las especies de Trichophyton se acomodan dentro de los clados formados por especies de Microsporum y Epidermophyton. Además, algunas especies de Chrysosporium se agrupan con los Trichophyton geófilos, situados filogenéticamente distantes de la especie tipo de Chrysosporium, Chrysosporium merdarium. Aparte de permitir reconocer nuevas especies como Trichophyton eboreum y su teleomorfo Arthroderma olidum20,21, uno de los aspectos más interesantes que las técnicas moleculares han aportado al estudio de los dermatofitos es el hecho de haber demostrado que algunos biotipos que en base a su morfología y al tipo de infección que producían eran considerados como verdaderas especies, no lo eran en realidad (tabla 3). Dentro del complejo Trichophyton rubrum se incluyen las dos especies antropofílicas, T. rubrum y Trichophyton violaceum, que no presentan fase sexual o teleomorfo y que parece que experimentan un tipo de reproducción clonal. La antigua especie Trichophyton raubitschekii, que según algunos autores presenta características epidemiológicas diferentes de T. rubrum y además es ureasa positiva, se considera en la actualidad sinónima de T. rubrum19. Es de destacar también el hecho de que la especie cosmopolita T. rubrum, responsable de la mayoría de tiñas de las uñas y de los pies, y la especie Trichophyton soudanense, endémica de África y responsable especialmente de Tinea capitis en jóvenes, son la misma especie19. Importantes cambios taxonómicos también se han producido en el complejo Arthroderma vanbreuseghemii. En la actualidad, tres anamorfos de distribución mundial se asocian con este complejo: Trichophyton tonsurans, Trichophyton equinum y Trichophyton interdigitale. Mientras que la primera especie es antropofílica y T. equinum es responsable de infecciones en equinos. T. interdigitale es la única especie de dermatofitos que presenta heterogeneidad desde un punto de vista ecológico ya que incluye tanto cepas antropofílicas como zoofílicas. Fenotípicamente las cepas zoofílicas de T. interdigitale son indistinguibles de las cepas de las antiguas variedades Trichophyton mentagrophytes var. granulosum y Trichophyton mentagrophytes var. mentagrophytes19.

El género Aspergillus, perteneciente al orden Eurotiales (clase Eurotiomycetes), incluye más de 250 especies, a 20 de las cuales se les atribuyen infecciones oportunistas en el hombre, aunque algunas de ellas solo ocasionalmente. Las especies de mayor interés clínico son Aspergillus fumigatus, Aspergillus terreus, Aspergillus flavus, Aspergillus niger y Aspergillus ustus. Dentro de la sección Fumigati, a la que pertenece la especie más importante del género, A. fumigatus, se han producido importantes cambios, tales como la reciente publicación de Neosartorya fumigata como estado sexual de A. fumigatus22. Sin embargo, cabe destacar que se trata de una especie heterotálica y que una sola cepa no es capaz de desarrollar en cultivo los cuerpos fructíferos correspondientes al teleomorfo, debiendo ser enfrentadas dos cepas compatibles durante largo tiempo para que los formen. Por el contrario, existen otras especies patógenas del mismo género que usualmente desarrollan su estado sexual en cultivo a partir de un solo aislado, tales como Neosartorya hiratsukae, Neosartorya pseudofischerii y Neosartorya udagawae. Esta última ha sido considerada como una especie emergente en los últimos años, produciendo infecciones invasivas con características diferenciales de las producidas por A. fumigatus23. Aspergillus lentulus es otra especie reciente de la misma sección, también morfológicamente parecida a A. fumigatus, de la que se puede distinguir básicamente por su lenta esporulación en cultivo y por presentar un patrón de resistencia a los antifúngicos diferente, siendo A. lentulus más resistente in vitro a la anfotericina B24,25. A. terreus (sección Terrei) es otro complejo de especies de creciente interés clínico y que presenta también una sensibilidad disminuida a la anfotericina B. Estudios de secuenciación multilocus han demostrado que la nueva especie Aspergillus alabamensis dentro del complejo puede colonizar sujetos inmunocompetentes y presenta una sensibilidad disminuida a la anfotericina B26. Dentro de la sección Usti, A. ustus ha sido tradicionalmente considerada como un patógeno humano aunque poco frecuente. Sin embargo, recientemente se han investigado algunos aislados clínicos pertenecientes a dicha especie demostrando, mediante análisis de secuencias de ADN, que en realidad pertenecían a una nueva especie, que presenta una sensibilidad reducida a los triazoles, a la que se denominó Aspergillus calidoustus27. Además de las citadas, un buen número de especies de Aspergillus, tales como Aspergillus tamarii, Aspergillus nomius, Aspergillus pseudonomius, Aspergillus granulosus, Aspergillus deflectus y Emericella quadrilineata, entre otras, han causado infecciones humanas en los últimos años14,28.

Recientemente, se han publicado algunas recomendaciones para la identificación molecular de cepas clínicas de Aspergillus a nivel de especie. Una primera identificación fenotípica del aislado se considera como un criterio importante para continuar con la secuenciación de la región ITS y de los genes de la β-tubulina o calmodulina29.

Fusarium es un género anamórfico perteneciente a los ascomicetos del orden Hypocreales (clase Sordariomycetes) que agrupa a un gran número de especies. La mayoría de ellas son saprobias o parásitas de plantas, aunque también existen especies capaces de infectar humanos y animales, habiendo aumentado significativamente el número de fusariosis en pacientes inmunocomprometidos30. Hasta hace poco, y debido a su importancia en agricultura, la taxonomía del género se basaba principalmente en criterios morfológicos31 y en el tipo de planta huésped. Muchas especies presentaban diferentes formae specialis las cuales no siempre se correspondían con grupos naturales. Recientemente, diversos autores han utilizado criterios moleculares en la taxonomía de Fusarium, basados en la secuenciación de diversos genes, lo que les ha permitido demostrar que las clásicas especies patógenas del género, como son F. verticillioides (F. moniliforme), F.oxysporum y F. solani, constituyen en realidad complejos de especies32–36. Así se han podido diferenciar unas 70 especies involucradas en infecciones humanas, la mayoría de las cuales sin nombre específico ya que al no poder ser reconocibles fenotípicamente se ha preferido no asignarles binomios específicos (tabla 4). Considerando la dificultad de identificar morfológicamente muchas de las cepas de especies filogenéticas implicadas en casos clínicos, con el objeto de permitir reconocer dichas cepas y poder realizar estudios epidemiológicos, O’Donnell et al.32 han establecido una nomenclatura particular de secuencias tipos o haplotipos obtenidas mediante la secuenciación de los genes EF-1α, RPB1 y RPB2. Utilizando este procedimiento, la identificación de los aislados clínicos se puede llevar a cabo comparando las secuencias obtenidas con las depositadas en la base de datos Fusarium-ID disponible en http://isolate.fusariumdb.org. La identificación de los aislados clínicos a nivel de especie o de haplotipos sin duda tiene un gran interés científico y epidemiológico, pero desde un punto de vista práctico con respecto al tratamiento del enfermo su interés disminuye ya que se ha demostrado que en general la mayoría de especies filogenéticas suelen ser resistentes a los antifúngicos utilizados en clínica34–36.

Las especies que integran este grupo de hongos pertenecen al orden Microascales y últimamente han emergido principalmente como causantes de infecciones diseminadas en pacientes neutropénicos. Hasta hace pocos años se conocían únicamente dos especies de Scedosporium, Scedosporium prolificans y Scedosporium apiospermum. Sin embargo, estudios polifásicos recientes han demostrado que la segunda especie constituye en realidad un complejo de especies. Las especies que integran el complejo son Scedosporium boydii (teleomorfo Pseudallescheria boydii), S. apiospermum (teleomorfo Pseudallescheria apiosperma), Pseudallescheria ellipsoidea, Pseudallescheria angusta, Pseudallescheria fusoidea, Pseudallescheria minutispora, Scedosporium dehoogii y Scedosporium aurantiacum37–39. Se ha demostrado también que algunas de estas especies presentan importantes diferencias en su respuesta a los antifúngicos, siendo S. aurantiacum la especie con menor sensibilidad a los mismos39. Esta última especie es la que se identifica fenotípicamente con más facilidad al producir colonias con un reverso anaranjado cuando crecen en agar patata dextrosa28. La diferenciación de las otras especies es más difícil, debiendo recurrir, especialmente los no expertos, a técnicas de secuenciación de ADN.

S. prolificans es otro importante patógeno que ha emergido también en los últimos años. Aunque relacionado con el grupo anterior, está filogenéticamente distanciado y genéticamente más próximo al género teleomórfico Petriella. Dicha especie es más virulenta que las anteriormente citadas, ocasionando infecciones diseminadas con una elevada mortalidad y prácticamente resistentes a todos los antifúngicos disponibles40. Los primeros casos de infección diseminada por S. prolificans en Europa fueron reportados precisamente en nuestro país41.

Sporothrix schenckii es un hongo dimórfico perteneciente al orden Ophiostomatales, que durante muchos años ha sido considerada como la única especie responsable de esporotricosis, infección subaguda o crónica que afecta a la dermis y al tejido celular subcutáneo y con una distribución mundial. Dicha especie ha sido extensamente estudiada y recientemente se ha demostrado que representa un complejo de especies, siendo las más comunes S. schenckii sensu stricto, Sporothrix globosa y Sporothrix brasiliensis, aunque otras especies tales como Sporothrix mexicana y Sporothrix luriei han sido también descritas42,43. Aunque hacen falta más estudios, los datos disponibles parecen indicar que las nuevas especies del género presentan diferentes distribuciones geográficas44; por ejemplo, S. brasiliensis se ha localizado casi exclusivamente en Brasil, mientras que S. globosa presenta una distribución cosmopolita y es de destacar que la mayoría de cepas aisladas de la India pertenecen a esta última especie (datos no publicados). Solo la correcta identificación de estas nuevas especies, mediante secuenciación o por técnicas fisiológicas, nos permitirá dilucidar si las diferentes manifestaciones clínicas de esporotricosis son producidas por especies diferentes. Hasta la fecha se ha demostrado que las diferentes especies que integran el complejo presentan diferente sensibilidad a los antifúngicos45.

Dentro del complejo de especies Cryptococcus neoformans-Cryptococcus gattii perteneciente al orden Tremellales de la clase Tremellomycetes, se incluyen dos especies anamórficas, C. neoformans y C. gattii. Ambas especies difieren en su epidemiología y en los nichos ecológicos que ocupan. C. neoformans no suele producir infecciones graves en individuos inmunocompetentes, sin embargo, en pacientes inmunodeprimidos puede causar infecciones sistémicas con un marcado neurotropismo. Estudios moleculares han revelado la existencia en C. neoformans de dos grupos genotípicos que son considerados como variedades, var. grubii (serotipo A) y var. neoformans (serotipo D), así como la existencia de híbridos diploides o aneuploides dentro del complejo. Los híbridos del serotipo AD han mostrado una elevada incidencia en nuestro país14. Las dos variedades son especialmente frecuentes en Europa, sin embargo, la primera de ellas tiene una distribución mundial y es responsable de la mayoría de criptococosis en pacientes con sida. La especie C. gattii comprende 4 linajes filogenéticos que según algunos autores podrían representar verdaderas especies13. Dicha especie infecta principalmente a pacientes inmunocompetentes especialmente en áreas tropicales o subtropicales, aunque ha sido también aislada en Europa en zonas de clima temperado o Mediterráneo.

Las especies de Malassezia (orden Malasseziales, clase Ustilaginomycetes) forman parte de la microbiota de la piel normal, especialmente de aquellas áreas ricas en grasa, pero también pueden provocar infecciones dérmicas más o menos importantes y también se han descrito ocasionalmente brotes nosocomiales en neonatos que reciben alimentación lipídica por vía intravenosa. Antes del 1996 solo existían tres especies en el género, Malassezia sympodialis, Malassezia pachydermatis y Malassezia furfur. En 1996 Guého et al.56 llevaron a cabo un estudio fenotípico y molecular proponiendo 4 nuevas especies: Malassezia globosa, Malassezia obtusa, Malassezia restricta y Malassezia slooffiae. M. globosa, la más común de ellas, está generalmente involucrada en casos de pitiriasis versicolor, mientras que la citada especie y M. restricta predominan en la dermatitis seborreica. Posteriormente, han sido publicadas otras siete especies (tabla 5) aisladas en diferentes tipos de animales, aunque no se ha demostrado que todas ellas sean capaces de producir infección. Todas las especies de Malassezia son lípido dependientes, con la única excepción de M. pachydermatis, siendo necesaria la presencia de ácidos grasos de cadena larga y técnicas especiales para su aislamiento, conservación e identificación.

Recientemente se han publicado los genomas y proteomas de secreción de M. globosa y M. restricta revelando la presencia de múltiples lipasas y la ausencia de un gen para la síntesis de ácidos grasos, lo que explica su dependencia lipídica57.

Las especies de Trichosporon (orden Trichosporonales, clase Tremellomycetes) son levaduras caracterizadas por la formación de artroconidios, conidiación meristemática y apresorios. Algunas de las especies de este género son las típicas causantes de la «piedra blanca», aunque pueden producir también infecciones más graves con una elevada mortalidad, especialmente en pacientes hematológicos. Durante muchos años la única especie del género aceptada fue Trichosporon beigelii. Guého et al. llevaron a cabo una revisión del género en base al estudio de la ultraestructura de los poros septales, contenido de guanina-citosina, perfiles nutricionales y análisis de las secuencias parciales del gen 28S rRNA58. En base a ello, la especie T. beigelii fue sustituida por seis especies Trichosporon asahii, Trichosporon cutaneum, Trichosporon asteroides, Trichosporon mucoides Trichosporon inkin y Trichosporon ovoides que causan infecciones en diferentes localizaciones anatómicas. La primera de ellas es la más importante desde un punto de vista clínico y la causante de la mayoría de infecciones invasoras graves, seguida de T. mucoides o T. asteroides, dependiendo de los autores59, T. ovoides suele estar asociada a la piedra blanca del cuero cabelludo y T. inkin a la del vello púbico14. Se considera que unas 14 especies de las casi 40 aceptadas en el género son potenciales patógenas humanas59 (tabla 6).

Pero también dentro de los basidiomicetos figuran varios hongos filamentosos, que no por menos conocidos son menos relevantes desde un punto de vista clínico. La dificultad en el diagnóstico de las infecciones causadas por dichos hongos radica en que muchos de ellos no esporulan en cultivo y suelen ser considerados como contaminantes. Entre los más conocidos, precisamente porque pueden ser identificados morfológicamente, figuran Schyzophyllum commune, Bjerkandera adusta y varias especies de Hormographiella28. Hormographiella aspergillata ha sido considerada como una especie emergente en pacientes leucémicos60. Cabe también indicar que recientes estudios moleculares que han secuenciado las regiones ITS y D1/D2 de numerosos aislados clínicos, morfológica-y fisiológicamente identificados como pertenecientes a los basidiomicetes, han demostrado que muchas otras especies pueden estar implicadas también infecciones humanas61.