Introducción: La enfermedad de Crohn (EC) impacta significativamente la calidad de vida y muchos pacientes requerirán cirugía a lo largo de su enfermedad. La microbiota intestinal juega un papel crucial en la patogénesis de la EC, influyendo en la respuesta inflamatoria y la recurrencia.

Objetivos: El objetivo es comparar la composición de la microbiota en pacientes con EC que requieren tratamiento quirúrgico frente a aquellos que no requieren cirugía, relacionándolo con el curso y la recidiva de la enfermedad, y determinar la influencia de los tratamientos clínicos en la modulación de la microbiota.

Métodos: Se realizó un estudio observacional prospectivo multicéntrico con pacientes de EC divididos en dos grupos (Quirúrgico (IQ) vs. No quirúrgico (NoIQ). Se recolectaron muestras fecales analizadas mediante secuenciación de nueva generación para estudiar la microbiota. Se correlacionaron estos datos con datos demográficos y evaluaciones clínicas y endoscópicas para monitorizar la actividad de la enfermedad.

Resultados Se realizó un análisis metagenómico de 29 pacientes, con una muestra pre y posquirúrgica en los pacientes del grupo Quirúrgico. En las muestras de los pacientes quirúrgicos se encontraron 7 géneros con una mayor representatividad que en las posquirúrgicas: Bacteroides, Phascolarctobacterium, Roseburia, Odoribacter, Rhodospirillales, Staphylococcus y Clostridioides, con tres especies con máxima representación (Bacteroides plebeius, Bacteroides vulgatus y Dialister pneumosintes). Se observaron disminuciones significativas en estos pacientes en familias bacterianas conocidas por su papel beneficioso en la salud intestinal como Lachnospiraceae (19,27 vs. 10,03%, p < 0,05) Bacteroidaceae (16,16 vs. 6,40% p < 0,05) y Ruminococcaceae, entre las muestras Quirúrgicas y No quirurgicas. Además, se evidenció un incremento en Enterobacteriaceae (3,08 vs. 10,03%, p < 0,05). Estos cambios estaban correlacionados con un aumento en los síntomas y una mayor incidencia de recurrencia endoscópica. Se observaron diferencias significativas en riqueza bacteriana (al comparar los rangos promedio de ACE, Abundance Coverage Estimator) en los pacientes a tratamiento con ustekinumab para los niveles taxonómicos de filo y clase, obesidad, tanto para el nivel taxonómico de familia, como de género y especie, así como entre los pacientes con patrón fistulizante para orden, familia, género y especie. Además, se encontraron diferencias significativas entre los grupos de localización ileal e ileocolónica al comparar riqueza en ordenes, familias, géneros y especies.

Conclusiones Existen cambios notables en la composición microbiota intestinal en aquellos pacientes que requieren intervención quirúrgica por eC, con una disminución de las baterías beneficiosas y asociados con la recurrencia de síntomas en pacientes con EC. Este estudio subraya la importancia de la microbiota en la patogénesis y recurrencia de la EC y propone que la modulación de la microbiota podría ser un enfoque terapéutico prometedor para prevenir la recurrencia y la necesidad de cirugía en la EC.