Con la secuenciación masiva o de nueva generación (NGS) se abrió una nueva era en todas las áreas de diagnóstico e investigación genética. La NGS aumenta de forma extraordinaria la capacidad de análisis genético con una reducción muy sustancial del tiempo de respuesta y de costes económicos, en comparación con la secuenciación capilar o de Sanger. Las nuevas metodologÃas NGS permiten el estudio de amplios paneles de genes, exomas e incluso genomas completos, pero plantean también nuevos retos y dilemas, tanto en los aspectos técnicos como en la gestión de los datos genéticos obtenidos, su validez e interpretación clÃnica, o la transmisión de información genética a los individuos estudiados.
Estos y otros aspectos se abordan en un documento recientemente publicado en Med Clin1, en el que han colaborado diversos expertos de la Asociación Española de Genética Humana (AEGH), la Sociedad Española de OncologÃa Médica (SEOM) y la Sociedad Española de Medicina de Laboratorio (SEQC-ML). Las 3sociedades han dado su apoyo al documento y lo presentarán en sus respectivas páginas web, con el fin de que sea de utilidad para los profesionales implicados en el diagnóstico genético. El documento se circunscribe al ámbito del cáncer hereditario, aunque gran parte de las pautas o recomendaciones, basadas en su mayorÃa en declaraciones y guÃas de la Sociedad Europea de Genética Humana (ESHG)2, podrÃan ser aplicables a muchas otras áreas del diagnóstico genético.
En el momento actual, las aportaciones de la secuenciación masiva se acompañan de unos niveles de evidencia cientÃfica muy considerables, que se acrecentarán en el futuro, pero para la correcta introducción de estas metodologÃas en los laboratorios de diagnóstico debe considerarse previamente el diseño, alcance y objetivos deseados, asà como conocerse las limitaciones existentes para determinadas aplicaciones, teniendo en cuenta aspectos de carácter técnico (calidad analÃtica, capacidad de detección, especificidad), organizativos, la gestión de datos, la interpretación de las variantes genéticas identificadas, los hallazgos incidentales o inesperados, los dilemas bioéticos y de asesoramiento, etc.
El documento se distribuye en declaraciones agrupadas en 6 apartados: 1) Utilidad clÃnica y diagnóstica. 2) Consentimiento informado y asesoramiento genético anterior y posterior al estudio. 3) Validación de los procedimientos analÃticos. 4) Informe de resultados. 5) Gestión de la información. 6) Distinción entre ámbito de investigación y ámbito asistencial.
1-Respecto a la utilidad clÃnica y diagnóstica se incide en la necesidad de llevar la NGS a la práctica clÃnica con una validación previa de la metodologÃa, documentada y según normativas ISO correspondientes, especificando el alcance y los objetivos de cada prueba, ya sea para confirmar o excluir una sospecha diagnóstica. Deben considerarse la selección adecuada de genes a incluir en los paneles (consensuada entre profesionales de laboratorio y clÃnicos y revisable en el tiempo), el rendimiento diagnóstico (la probabilidad de detectar variantes genéticas causantes de la enfermedad), las limitaciones de la técnica, que puedan afectar a la sensibilidad y especificidad de la prueba y dependen de la plataforma de secuenciación, los métodos de captura y enriquecimiento de las regiones de interés, la generación de genotecas, la cobertura (profundidad de secuenciación), las regiones génicas no cubiertas, el procesado y análisis bioinformático de los datos obtenidos, el algoritmo de clasificación y priorización de variantes, el tipo de información incluida en el informe, etc.3,4
2-En cuanto al consentimiento informado y asesoramiento genético previo y posterior a la prueba, el laboratorio debe informar al profesional clÃnico del alcance del estudio (genes analizados, cobertura, sensibilidad y especificidad analÃticas, tipos de variantes que se van a reportar y enfermedades no relacionadas con la orientación clÃnica inicial que podrÃan estar causadas por variantes patogénicas detectadas), asà como las limitaciones y los posibles resultados imprevistos que puedan derivarse del estudio.
Globalmente, los estudios genéticos pueden detectar una alteración deletérea responsable del cuadro clÃnico, no detectar ninguna alteración, o bien detectar variantes genéticas de significado clÃnico incierto. Estas 3posibilidades deben transmitirse al paciente antes de efectuarse la prueba y tras ella deben discutirse las implicaciones resultantes según sea el resultado obtenido.
El documento ofrece también recomendaciones respecto a los hallazgos inesperados. El asesoramiento previo a la prueba debe procurar que los pacientes puedan entenderla y ser conscientes de la posibilidad de detección de mutaciones de alta penetrancia no sugeridas por sus antecedentes personales o familiares o mutaciones en heterocigosis en genes responsables de enfermedades con herencia recesiva, con implicaciones para los deseos reproductivos. En consonancia, debe existir la logÃstica necesaria y un protocolo de actuación ante estos hallazgos incidentales, aprobado por un comité de ética, respetando los deseos del paciente a saber o no saber los resultados del estudio, explicitados en el consentimiento informado5.
3-En el apartado de validación de los procedimientos analÃticos se recomienda que las medidas de calidad utilizadas en los procedimientos de diagnóstico (validación de la plataforma de análisis, exactitud, precisión, sensibilidad y especificidad analÃticas, cobertura, etc.), se evalúen y describan con precisión y que el laboratorio debe considerar aspectos relacionados con la identificación y trazabilidad de muestras, los flujos de trabajo, las etapas de procesamiento, el análisis informático, etc.6,7. Por otra parte, se recomienda que el laboratorio maneje información actualizada permanentemente sobre las variantes genéticas y genere una base de datos propia, que puede ser de gran utilidad para identificar artefactos especÃficos de la propia plataforma, falsos positivos, mutaciones recurrentes, variantes que cosegregan, etc., mejorando el proceso diagnóstico. Además, debe tenerse en cuenta la necesidad creciente de disponer de un almacenamiento a largo plazo de todos los datos relevantes.
4-En el apartado referente a Ios informes de resultados, se ofrecen recomendaciones detalladas de todos los elementos que deben incluirse en un informe de laboratorio, tanto del paciente, como de la prueba y de los resultados, asà como la disposición más efectiva de los mismos, ya que los informes serán leÃdos por el paciente y por profesionales con distintos niveles de experiencia y conocimientos en genética8.
5-Una correcta gestión de la información obtenida facilita enormemente el proceso de análisis y de interpretación de los resultados dentro del contexto clÃnico, con criterios de evidencia y fiabilidad. Es especialmente importante el manejo y almacenamiento ordenado de la información referente a las variantes de significado incierto con el objetivo de poder clasificarlas en el futuro. En cualquier caso, debe utilizarse fuentes de información de calidad, una nomenclatura genética estandarizada9, secuencias de referencia y una clasificación de variantes para enfermedades hereditarias distribuida en 5categorÃas: patogénica, probablemente patogénica, variante de significado incierto, probablemente benigna y benigna, de acuerdo con las recomendaciones internacionales10–13.
6-Por último, deben distinguirse los ámbitos asistencial y de investigación, aunque el alto rendimiento de estas tecnologÃas, que permiten el análisis simultáneo de amplios paneles de genes, exomas o genomas, dificulta en ocasiones esta separación14. Un estudio genético diagnóstico está dirigido a responder una cuestión clÃnica relacionada con la condición médica de un paciente, mientras un estudio en el ámbito de la investigación pretende resolver una cuestión cientÃfica basada en una hipótesis de trabajo, que puede o no tener relevancia clÃnica para el paciente implicado. En cualquier caso, es muy importante definir de antemano el alcance del estudio, cuáles son los resultados esperados y su trascendencia en el manejo del paciente y su familia, asà como la gestión de la información obtenida. Estos aspectos deben recogerse tanto en el procedimiento normalizado de trabajo correspondiente del laboratorio diagnóstico como en el protocolo de un proyecto de investigación si es el caso, y deben ser aceptados por el paciente participante a través del preceptivo consentimiento informado. Otro aspecto a tener en cuenta es la utilización de la información obtenida, que puede ser anonimizada y compartida en el campo cientÃfico, asà como el depósito, custodia y uso de las muestras biológicas.
En conclusión, la introducción de la NGS en el diagnóstico genético de la predisposición hereditaria al cáncer, asà como de otras enfermedades genéticas, requiere una planificación detallada de múltiples aspectos, técnicos, logÃsticos y de gestión y transmisión de información de distinto tipo, en los que intervienen distintos profesionales del laboratorio y clÃnicos. El documento mencionado, auspiciado por las 3sociedades cientÃficas (AEGH, SEOM y SEQC) constituye una guÃa de recomendaciones o comentarios que pueden ayudar a dicha implementación.
