Introduccion: Las técnicas metagenómicas, basadas fundamentalmente en la secuenciación masiva del gen ARNr 16S en combinación con herramientas bioinformáticas, están revolucionando la investigación en enfermedades infecciosas. Hasta la fecha, las publicaciones sobre su aplicación al diagnóstico de endocarditis infecciosas (EI) son escasas.
Objetivos: Evaluar la utilidad de la secuenciación masiva en tejido valvular para el estudio de EI y comparar los resultados con los obtenidos en hemocultivo (HC), y por PCR y secuenciación del ARNr 16S en tejido valvular vegetaciones.
Material y métodos: Se estudiaron 27 muestras de tejido valvular-vegetaciones (4 válvulas protésicas, 18 nativas y 5 dispositivos intravasculares) de 27 pacientes con diagnóstico de EI. En todos se realizaron HC. Se extrajo ADN de los tejidos y se realizaron PCRs del gen ARNr 16S y secuenciación, así como técnicas metagenómicas dirigidas a las regiones V3–V4 del ARNr 16S. El agente causal se identificó en 26 casos, mediante HC (n=22), mediante PCR (n=24) o por ambas técnicas (n=20). Cinco pacientes presentaron endocarditis con HC negativo y en 3 de ellos se realizaron determinaciones serológicas: 1 paciente con IgG frente a C. burnetii, fase II=4.096 y fase I=4.096 y en el que se amplificó C. burnetii; 1 paciente con IgG=64 frente a Bartonella spp. y frente a C. burnetii, fase II (fase I, IgG no detectados) y con resultados de PCR negativos, y 1 paciente con IgG frente a C. burnetii, fase II=800 y fase I≥1600, con IgG no detectados frente a Bartonella spp. y con PCR de Tropheryma whipplei positiva en tejido valvular.
Resultados: Se observó correlación entre los resultados de HC, PCR y metagenómica en el 62,9% de pacientes (17/27 muestras). En 22/27 muestras se observó correlación entre el resultado de PCR y metagenómica. En 18/27 pacientes se observó correlación entre el resultado de HC y metagenómica. La metagenómica permitió reclasificar 2 casos como infecciones mixtas, al detectarse secuencias genéticas de microorganismos no cultivados que fue necesario evaluar en el contexto clínico-epidemiológico: 1 paciente con infección mixta con C. burnetii, previamente sospechada por criterios serológicos y con diagnóstico definitivo de EI por T. whipplei y 1 paciente diagnosticado de EI por Streptococcus agalactiae mediante HC y PCR, con IgG frente a C. burnetii, fase II=400 y fase I, IgG no detectados, con PCR negativa para C. burnetii y positiva para bacterias de la familia Coxiellaceae, cuyo poder patógeno es controvertido.
Conclusion: La metagenómica del ARNr 16S puede ser útil para identificar EI cuando se sospeche que pueda haber más de un microorganismo implicado.
Sería interesante investigar si la combinación de estos resultados con los de metagenómica dirigidos a otras regiones del ARNr 16S puede aportar luz al diagnóstico de EI.
Agradecmientos: Al Fondo de Investigaciones Sanitarias (Acción Estratégica en Salud 2015), ISCIII, M. Economía y Competitividad, España (PI15/02269).
