La especie Dermabacter hominis está constituida por bacilos gram positivos corineformes, anaerobios facultativos, que forman parte de la microbiota residente de la piel. Excepcionalmente se ha asociado a estos microorganismos con infecciones en pacientes inmunocomprometidos o muy debilitados. Se describe el caso de una mujer adulta joven, inmunocompetente, con un quiste sebáceo en el cuello, infectado por D. hominis como único agente etiológico. Se logró la identificación fenotípica del agente causal mediante pruebas simples basadas en el esquema originalmente propuesto por Funke y Bernard, factibles de ser realizadas en un laboratorio hospitalario de microbiología. Características fenotípicas como la morfología cocoide, el olor acre/espermático, la hidrólisis de la esculina, la producción de pirrolidonil arilamidasa y de lisina y ornitina descarboxilasas son pruebas claves en la identificación de D. hominis. La espectrometría de masas (MALDI-TOF MS) confirmó la identificación fenotípica.
Dermabacter hominis species is constituted by Gram positive facultative anaerobic coryneform rods being part of the resident microbiota human skin, and exceptionally associated to infections in immunocompromised or severely debilitated patients. An immunocompetent young adult woman with a neck sebaceous cyst infected by D. hominis as unique etiologic agent is presented. Phenotypic identification of the causative agent was achieved through simple tests, based on the originally scheme proposed by Funke and Bernard, and feasible to be performed in a hospital Microbiology Laboratory. Phenotypic characteristics as coccoid morphology, the acrid/spermatic odor, esculin hydrolysis, the production of pyrrolidonyl-arylamidase, lysine and ornithine decarboxylase, are key tests to identify D. hominis. The matrix-asisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) confirmed the phenotypic identification.
El género Dermabacter está constituido por bacilos gram positivos corineformes, anaerobios facultativos, que suelen presentarse con morfología cocobacilar y cocoide. Taxonómicamente, se ubica en la familia Dermabacteraceae, y Dermabacter hominis es, hasta el momento, la única especie. Recientemente, se han propuesto 2 nuevas especies, Dermabacter vaginalis sp. nov.4 y Dermabacter jinjuensis sp. nov.14, aún no validadas. El género Dermabacter fue descrito en 1988 por Jones y Collins11 sobre la base de los estudios taxonómicos de las bacterias corineformes de la microbiota cutánea humana. Posteriormente, Funke et al.8 y Gruner et al.9, mediante estudios retrospectivos de secuenciación del gen 16S del ARNr e hibridación ADN-ADN, respectivamente, incorporaron en el género Dermabacter a 30 aislamientos provenientes de diferentes muestras clínicas, principalmente de sangre, previamente remitidos a los Centers for Disease Control and Prevention (CDC), Atlanta GA, EE. UU. Estos habían sido designados como corinebacterias de los grupos CDC 3 y CDC 5. Es a partir de ese momento que se reconoce su papel de patógeno oportunista.
Los microorganismos que constituyen la microbiota residente de la piel suelen ser ignorados, raramente reconocidos como agentes causales de procesos infecciosos y, por lo tanto, subdiagnosticados. Sin embargo, en las últimas décadas se han incrementado las comunicaciones de infecciones por bacterias corineformes que no solo incluyen al género Corynebacterium, sino también a otros géneros y especies relacionados, como son D. hominis, Brevibacterium casei y Turicella otitidis, entre otros15. Esto ha enriquecido el conocimiento en cuanto a su papel como patógenos oportunistas y la posibilidad de realizar un diagnóstico microbiológico confiable, sobre todo cuando se utiliza la metodología convencional. En el caso particular de D. hominis, si bien son escasas las publicaciones, se han comunicado casos de bacteriemias12, peritonitis asociadas a diálisis peritoneal15, abscesos y heridas de piel en pacientes gravemente inmunocomprometidos o muy debilitados3. Solo se describe un caso de absceso recurrente en un paciente inmunocompetente, pero con múltiples factores de riesgo asociados13.
Se presenta en este informe un caso clínico con el objeto de aportar más información sobre el aislamiento y la identificación de D. hominis como agente causal de procesos infecciosos. A pesar de la dificultad que presentan las bacterias corineformes, se logró su identificación a través de pruebas bioquímicas simples basadas en los métodos convencionales propuestos por Funke y Bernard6, que se pueden realizar en un laboratorio de microbiología clínica hospitalario.
Una mujer de 46 años inmunocompetente, obesa, consultó al Servicio de Guardia Médica del Instituto de Investigaciones Médicas Alfredo Lanari de la Universidad de Buenos Aires por presentar tumor y dolor en la zona de la nuca, sin otros síntomas asociados. Refirió el antecedente de resección de quiste sebáceo por infección —no estudiado microbiológicamente— en dicho lugar 3 años antes de la consulta. En el examen físico se observó una tumoración de 1cm de diámetro, eritematosa, fluctuante y dolorosa a la palpación. Se tomó material para cultivo por punción por piel sana; luego se realizó el drenaje quirúrgico del absceso y se inició tratamiento empírico con trimetoprima-sulfametoxazol (TMS) 800/160mg cada 12h durante 5 días, con muy buena evolución.
El material fue remitido al Departamento de Microbiología para su estudio. La coloración de Gram mostró escasos cocos gram positivos dispuestos en grupos y células individuales, que crecieron luego de 48h de incubación a 35°C en agar sangre ovina al 5% y en atmósfera de CO2. Las colonias eran blanco grisáceas, γ-hemolíticas, de 2mm de diámetro y con un fuerte olor acre/espermático (fig. 1). La morfología en medio líquido mostró cocobacilos gram positivos y bacilos corineformes (fig. 2). La identificación bioquímica se realizó de acuerdo con la metodología convencional propuesta por Funke y Bernard6. Las pruebas bioquímicas de primera línea revelaron la presencia de microorganismos catalasa positivos, con metabolismo fermentador y sin lipofilicidad. Las bacterias corineformes a considerar incluyeron Corynebacterium spp., D. hominis, Helcobacillus massiliensis, Rothia dentocariosa, Oerskovia spp., Cellulomonas spp., Cellulosimicrobium spp., Microbacterium spp., Actinomyces spp. (algunas especies), Exiguobacterium spp. y Propionibacterium spp. aerotolerantes. Se continuó con las pruebas fenotípicas de segunda línea para la identificación de los bacilos gram positivos: producción de pigmento, movilidad, hidrólisis de esculina y urea y reducción de nitrato. De acuerdo con las características culturales se descartaron los microorganismos pigmentados Exiguobacterium spp., Oerskovia spp., Cellulomonas spp., Cellulosimicrobium spp., Microbacterium spp., Corynebacterium aurimicosum, Corynebacterium nigricans y Corynebacterium timonense. También se descartaron H. massiliensis y algunas especies de Actinomyces y Corynebacterium, por ser esculina negativa.
La tabla 1 muestra los resultados de las pruebas diferenciales que consideramos útiles para identificar a D. hominis. Se confirmó la identificación mediante pruebas adicionales que incluyeron la descarboxilación de la lisina y de la ornitina, la hidrólisis de la gelatina y la acidez de los hidratos de carbono glicerol, lactosa, maltosa, rafinosa, sacarosa, trehalosa y xilosa, pruebas que resultaron positivas. Se obtuvieron resultados negativos para la producción de indol, la hidrólisis del hipurato de sodio y la acidez de manitol e inositol. La identificación fenotípica fue confirmada por espectrometría de masas (matrix-asisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry [MALDI-TOF MS]) Bruker Daltonik®, Bremen, Alemania), que mostró un score de identificación de 1,9332.
Características diferenciales de los bacilos gram positivos anaerobios facultativos irregulares, catalasa positivos, no lipofílicos, con metabolismo fermentador, inmóviles y no pigmentados, de interés clínico en humanos
| Especies | Morfología de las colonias | Reducción de nitrato | Hidrólisis de: | Prueba de CAMP | Producción de: | Acidez de lactosa | |||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Esculina | Urea | PYR | β-GUR | FAL | |||||
| Dermabacter hominis | Lisas y convexas | – | + | – | – | + | – | + | + |
| Actinomyces radicidentis | ND | v | + | v | – | ND | v | – | + |
| Actinomyces viscosus | Lisas | + | v | v | – | – | – | + | + |
| Corynebacterium durum | Adherentes y rugosas | + | v | v | – | – | – | – | – |
| Corynebacterium glucuronolyticum | Lisas y convexas | v | v | va | + | ND | + | v | ND |
| Corynebacterium matruchotti | Adherentes y rugosas | + | v | – | – | – | – | – | + |
| Propionibacterium avidumb | Lisas | – | v | – | + | – | – | – | – |
| Rothia dentocariosa | Adherentes y rugosas | + | + | – | – | + | – | – | – |
Helcobacillus massiliensis y las especies de Actinomyces y Corynebacterium esculina negativas fueron excluidas de la tabla.
β-GUR: β-glucuronidasa; FAL: fosfatasa alcalina; ND: dato no disponible; PYR: pirrolidonil arilamidasa; v: variable; –: negativo; +: positivo.
Las pruebas de sensibilidad fueron realizadas en agar Mueller Hinton suplementado con sangre ovina al 5% (Laboratorio Argentino, Ciudad Autónoma de Buenos Aires, Argentina) y con las tiras con gradiente de concentración de antibióticos (Etest de bioMèrieux, Solna, Suecia). Las placas se incubaron en aerobiosis a 35°C durante 24h. Los antibióticos probados y los resultados obtenidos (μg/ml) se detallan a continuación: penicilina, 0,125; vancomicina, 0,38; ceftriaxona, 0,047; ciprofloxacina, 0,75; imipenem, 0,25; rifampicina, 0,008; gentamicina, 3; y TMS, 0,25. La cepa aislada resultó sensible a todos los antimicrobianos ensayados, según los puntos de corte del Clinical Laboratory Standards Institute (CLSI) M45-A2.
Los quistes sebáceos pueden infectarse, con la consiguiente formación de abscesos. Si bien este tipo de infecciones no presenta mayores complicaciones, los abscesos son dolorosos; luego, deben ser drenados, estudiados microbiológicamente y tratados. Los agentes infectantes están habitualmente asociados a la microbiota de la piel e ingresan en forma directa a través de lesiones, por ejemplo, por el rascado de la tumoración, como la paciente refirió en este caso. Los microorganismos principalmente involucrados son Staphylococcus aureus, Staphylococcus epidermidis u otras especies de estafilococos coagulasa negativos y estreptococos; también, enterobacterias, anaerobios o cultivos mixtos, según la ubicación topográfica del absceso.
La observación en la coloración de Gram del material directo de cocos gram positivos dispuestos en grupos y células individuales, los cuales se mostraron en los cultivos como cocobacilos y bacilos corineformes, junto con el aislamiento de D. hominis como único agente, avalaron su jerarquización. Las infecciones por D. hominis se han descrito en pacientes inmunocomprometidos y en un paciente inmunocompetente, pero con factores de riesgo asociados13. En este caso la paciente era una mujer adulta joven, inmunocompetente y obesa, y la infección se produjo por la inoculación directa del microorganismo a través de la piel. Probablemente, las infecciones por D. hominis son más frecuentes de lo informado, en primera instancia, debido a que los materiales en los cuales puede estar involucrado este microorganismo a menudo no se estudian microbiológicamente. En segundo lugar, cuando el material se cultiva, al aislarse bacterias corineformes, estas son descartadas por ser consideradas agentes contaminantes.
Los métodos convencionales para la identificación fenotípica de las bacterias corineformes son bastante laboriosos y requieren de varios días para determinar el género y la especie, dada la gran diversidad de microorganismos que pueden estar involucrados, la variabilidad de algunos resultados entre cepas de una misma especie y el requerimiento de múltiples pruebas bioquímicas. Los métodos miniaturizados comerciales como el API Coryne® versión 2.0 (bioMèrieux, Marcy l’Etoile, Francia) o el Rapid ID CB Plus (Remel, Oxoid, EE. UU.) y los métodos automatizados, como el Vitek 2 ANC (bioMèrieux) o el Phoenix (BD Diagnostics, EE. UU.), brindan posibilidades diagnósticas del 90 al 98% con el agregado de pruebas complementarias, en el caso de los métodos miniaturizados. Pero en el Vitek 2 ANC, D. hominis no figura en la base de datos1,7,10. La espectrometría de masas y los métodos moleculares a través de la amplificación por PCR y secuenciación del gen 16S del ARNr son óptimos para la identificación rápida y confiable, aunque no son aún de disponibilidad masiva2. Como fue demostrado por Barberis et al.2 y otros autores, si se obtiene con MALDI-TOF MS un score ≥ 1,7, es suficiente para la identificación a nivel de especie de los bacilos gram positivos.
Cuando en la coloración de Gram de una muestra clínica representativa se observan formas celulares más bien cocoides que bacilares y en el cultivo desarrollan colonias compatibles con estafilococos coagulasa negativos a las 48h de incubación, pero con un olor acre/espermático fuerte y característico, es lícito sospechar el aislamiento de D. hominis. Si bien para la identificación bioquímica nos basamos en el esquema de Funke y Bernard6, las únicas especies corineformes no pigmentadas que pueden descarboxilar la lisina y la ornitina son D. hominis y Actinomyces neuii (esculina negativa).
Con respecto a los perfiles de sensibilidad, D. hominis es frecuentemente sensible a las tetraciclinas, carbapenems, glucopéptidos, rifampicina y linezolid. La actividad de las penicilinas, las cefalosporinas, los aminoglucósidos, las fluoroquinolonas, los macrólidos y las lincosamidas es variable, y presenta resistencia natural al ácido pipemídico y al sulfametoxazol. Usualmente es resistente a la daptomicina, lo cual no es común en los microorganismos gram positivos5. En este caso, la cepa fue ampliamente sensible a todos los antimicrobianos estudiados y la daptomicina no fue evaluada.
Las infecciones por bacterias corineformes son raras y probablemente subdiagnosticadas. Deben ser tenidas en consideración cuando:
- 1.
se observa al microorganismo en la coloración de Gram del material directo y se lo aísla en cultivo puro o predomina en el material proveniente de una cavidad cerrada usualmente estéril,
- 2.
se lo aísla en más de una muestra de sangre, o
- 3.
en una única muestra de sangre y simultáneamente en algún otro material representativo.
En conclusión, el drenaje quirúrgico, la correcta identificación del agente causal y el tratamiento antibiótico adecuado son siempre fundamentales para la curación completa de todo absceso. Algunas características fenotípicas, como la morfología microscópica y colonial, el olor, el tipo de metabolismo, la producción de catalasa, la descarboxilación de lisina y ornitina, y las pruebas descritas en la tabla 1 permitieron identificar correctamente a D. hominis y diferenciarlo de las bacterias corineformes relacionadas de interés clínico.
Responsabilidades éticasProtección de personas y animales. Los autores declaran que para esta investigación no se han realizado experimentos en seres humanos ni en animales.
Confidencialidad de los datos. Los autores declaran que han seguido los protocolos de su centro de trabajo sobre la publicación de datos de pacientes.
Derecho a la privacidad y consentimiento informado. El autor de correspondencia cuenta con una copia del consentimiento informado del paciente referido en el artículo; el original figura en la Historia Clínica.
Conflicto de interesesLos autores declaran no tener conflicto de intereses.
