Introducción: La infección por Clostridium difficile (ICD) es la causa principal de diarrea asociada a antibióticos y su incidencia ha aumentado en los últimos años. Sus manifestaciones clínicas se asemejan a las de la enfermedad inflamatoria intestinal (EII). Ambas enfermedades van asociadas a disbiosis bacteriana. El objetivo de este estudio fue comparar la abundancia de diferentes marcadores bacterianos, en muestras de heces, entre pacientes con ICD y EII. Esta comparativa puede ser importante para hallar biomarcadores capaces de discriminar entre ambas enfermedades.

Métodos: Se recogieron 20 muestras de heces procedentes de pacientes con ICD y 22 muestras de pacientes con EII. Todas las muestras fueron recogidas en Beth Israel Deaconess Medical Center (Boston, EEUU). Todos los pacientes incluidos presentaron sintomatología clínica activa y no estaban en tratamiento con antibióticos. La abundancia relativa de los siguientes marcadores bacterianos fue determinada por qPCR: Faecalibacterium prausnitzii (Fpra), Escherichia coli (Eco), F. prausnitzii filogrupo I (PHG-I), F. prausnitzii filogrupo II (PHG-II), Akkermansia muciniphila (Akk), Ruminococcus sp. (Rum), Lactobacillus sp. (Lac), Bacteroidetes (Bac) y Methanobrevibacter smithii (Msm).

Resultados: En pacientes de ICD, la abundancia de Fpra, sus dos filogrupos (PHG-I y PHG-II) y Rum fue significativamente inferior (p = 0,021, p = 0,037, p = 0,009 y p = 0,002, respectivamente), mientras que la abundancia de Eco y Msm fue significativamente superior (p = 0,044 y p < 0,001, respectivamente).

Conclusiones: Los pacientes con ICD presentaron una menor abundancia de aquellos marcadores bacterianos considerados beneficiosos, como es el caso de Ruminococcus sp., F. prausnitzii y sus filogrupos y una abundancia mayor de especies con propiedades inflamatorias como E. coli. Estos resultados demuestran que condiciones con un fenotipo similar (síntomas y apariencia endoscópica), presentan diferencias en la microbiota intestinal que pueden ser usadas para el diagnóstico, ayudando a distinguir, claramente, un brote inflamatorio de la EII de una ICD en una EII.