Introducción: La colitis microscópica (CM), incluyendo la colitis colágena (CC) y la colitis linfocítica (CL), constituyen entidades de etiología aún desconocida. No se sabe si la microbiota colónica juega un papel en la fisiopatología de las mismas. Estudios recientes sugieren alteraciones de la microbiota en pacientes con CM en comparación con controles sanos. Sin embargo, no se ha evaluado si existen diferencias con pacientes con diarrea crónica funcional.

Objetivos: Estudiar la presencia de alteraciones de la microbiota intestinal en pacientes con CM en comparación con controles sanos y con controles con diarrea crónica funcional.

Métodos: Se incluyeron 16 pacientes con CM activa sin tratamiento (CC = 6; CL = 10), 11 con diarrea crónica funcional (DC) y 12 controles sanos (CS). Se recogieron muestras de heces antes de la colonoscopia diagnóstica en pacientes con diarrea crónica acuosa y alta sospecha de CM. Se evaluó la composición de la microbiota mediante secuenciación del gen 16S. Se analizaron los índices de alfa-diversidad de Shannon y Chao1. Para el procesamiento bioinformático de los datos se utilizó Qiime v1.9 y para la parte estadística R v3.5.1. Se utilizaron test no paramétricos (test Kruskal-Wallis y Mann-Whitney) y técnicas estadísticas para corregir para comparaciones múltiples. El análisis PERMANOVA se usó para evaluar diferencias en beta-diversidad. Los resultados se proporcionan como mediana ± DE.

Resultados: Se apreció una disminución de la alfa-diversidad bacteriana en los grupos de CM y DC con respecto a CS, sin diferencias entre ellos (Shannon, 4,9 ± 0,87 y 4,4 ± 0,48 vs 5,3 ± 0,34, p = 0,0025; Chao, 235,9 ± 44,8 y 224,6 ± 43,2 vs 264,1 ± 45,5; p = 0,06). No hubo diferencias significativas entre CC y CL. Se encontró disminución significativa de p-Actinobacterias, p-Firmicutes (c-Erysipelotrichi y o-Clostridiales) en ambas CM y DC vs CS. No hubo diferencias en otras bacterias cuando se aplicaron Bonferroni o FDR. En pacientes con CM se observó una disminución de Bacteroides (p = 0,003) y Ruminococus (p = 0,005) en comparaciones 2 a 2 con el grupo DC (N.S. al aplicar FDR).

Conclusiones: No hay diferencias en CM y DC en cuando a diversidad bacteriana, que se halla disminuida de forma similar en ambas entidades respecto a los controles sanos, por lo que parece un efecto de la diarrea per se y no propio de la CM. Existen pocas diferencias entre CM y DC, sólo Bacteroides y Ruminococus parecen estar más disminuidas en CM que en DC.