El objetivo de este trabajo fue evaluar los niveles de leptina salival y marcadores de riesgo de enfermedad cardiovascular y su correlación con parámetros nutricionales y bioquímicos en escolares de dos ciudades ubicadas a diferente altitud sobre el nivel del mar. Se determinó el estado nutricional mediante parámetros antropométricos, se midieron en saliva los niveles de leptina, glucosa y perfil lipídico, se realizó una encuesta de frecuencia de consumo y niveles de actividad física. Se realizó un análisis estadístico para determinar las correlaciones de las variables estudiadas. Se evaluaron 151 niños de las ciudades de Bogotá (alta altitud) e Ibagué (baja altitud), con una edad promedio de 8,2 (± 1,2 años). Se observó que el peso y talla fueron menores (p ≤ 0,005 y p ≤ 0,001) en la población infantil de alta altitud. En saliva, se observó que los niveles de leptina eran superiores en los niños que habitan a menor altitud (p = 0,004); mientras que los triglicéridos fueron más elevados a mayor altitud (p = 0,001). Se observa mayor ingesta de fruta en jugo (p = 0,004) en la ciudad de menor altitud, además, las niñas de esta ciudad consumen más carbohidratos simples (p = 0,005); no se encontraron diferencias significativas al comparar la frecuencia de consumo de otros alimentos. Al verificarse correlaciones con factores de riesgo cardiovascular, tanto el índice de masa corporal como la circunferencia de cintura se correlacionaron de forma directa y significativa con los niveles de presión arterial. La altitud puede influir en los niveles salivales de leptina y triglicéridos, y en factores de riesgo cardiovascular, además, puede verse afectada la composición corporal. A partir de los datos obtenidos, se sugiere el uso de la saliva como un fluido de diagnóstico fácil y poco invasivo, aunque se recomienda ampliar el estudio para determinar valores de referencia en este tipo de muestra.