Introducción: La disbiosis es clave en la enfermedad inflamatoria intestinal (EII), en la que los pacientes pueden presentar daño en diferentes partes del intestino.

Objetivos: Analizar la microbiota de pacientes con enfermedad de Crohn (EC) y colitis ulcerosa (CU) frente a controles sanos (CS), basado en la localización de la afectación.

Métodos: Se secuenció la microbiota fecal de 104 pacientes con EC y 145 pacientes con CU de reciente diagnóstico (< 1 mes) y antes del inicio de ningún tratamiento para la EII, y 49 CS mediante el método de shotgun, analizando los resultados con Cutadapt, Kraken2 y Bracken. Con los índices de Shannon (&alpha;- diversidad) y Bray-Curtis (&beta;-diversidad) se evaluó la diversidad dentro del mismo grupo y entre grupos, respectivamente.

Resultados: Los pacientes con EC mostraron menos &alpha;-diversidad comparado con CS, siendo inferior en aquellos con localización ileocólica (L3). En los pacientes con CU, aquellos con afectación extensa (E3) presentaron una &alpha;-diversidad menor comparado con CS y con las otras localizaciones. La &beta;-diversidad en los pacientes con EC reveló diferencias entre las comparativas de los subgrupos ileal (L1) vs. L3, y cólico (L2) vs. L3, sugiriendo una mayor diversidad en L3; no hubo diferencias en los pacientes con CU. Los pacientes con EC revelaron una disminución de Phocaeicola coprocola y varias especies de Adlercreutzia, y un aumento de Shigella flexneri, en comparación con los CS (tabla 1). En los pacientes con CU se observó un aumento en Toxoplasma gondii y Gemella morbillorum en los tres subgrupos de localización comparado con los CS. Sin embargo, varias especies de Adlercreutzia y Alistipes estaban disminuidas en E3 comparado con los CS (tabla 2).

Conclusiones: En pacientes recién diagnosticados de EC y CU existen diferencias en la microbiota dependiendo de la localización de la enfermedad, detectándose una reducción de géneros beneficiosos como Adlercreutzia y Alistipes, y un aumento de especies patógenas.