Introducción: La enfermedad inflamatoria intestinal (EII) es una patología crónica e inflamatoria que afecta principalmente al tracto gastrointestinal. Actualmente, la endoscopia es el estándar de oro para evaluar la actividad de la enfermedad en la práctica clínica; sin embargo, es un procedimiento costoso, invasivo e incómodo para el paciente. Por lo tanto, se necesitan biomarcadores sensibles, específicos y no invasivos para el diagnóstico y seguimiento de la EII.

Métodos: Se utilizó una metodología proteómica cuantitativa libre de marcaje para identificar los perfiles proteómicos en suero y orina de 100 pacientes recién diagnosticados de EII, antes de iniciar cualquier tratamiento [50 pacientes con enfermedad de Crohn (EC) y 50 pacientes con colitis ulcerosa (CU)] y 50 controles sanos (CS). Además, se utilizaron técnicas de minería de datos y reconocimiento de patrones para identificar relaciones ocultas que no son detectables utilizando los clasificadores lineales clásicos, y de este modo identificar potenciales marcadores capaces de discriminar entre los distintos grupos de estudio. Se utilizó el programa Ingenuity Pathway Analysis (IPA) para analizar las vías moleculares y funciones biológicas de las proteínas diferenciales.

Resultados: Se identificaron en suero 45 proteínas diferencialmente expresadas en la comparación de pacientes con CU y CS, 32 proteínas diferenciales en EC frente a la CS, y 12 proteínas significativamente desreguladas en pacientes con EC respecto a CU. En las muestras de orina, 110 proteínas mostraron una expresión diferencial en la comparativa de CU frente a CS, 50 proteínas diferencialmente expresadas entre EC y CS, y un total de 31 proteínas fueron significativas en pacientes con EC respecto a CU. El análisis del área bajo la curva (AUC) mostró múltiples proteínas con altos valores de AUC, hasta 0,94, lo que indica que estas proteínas diferenciales tienen un potencial valor como nuevos clasificadores diagnósticos no invasivos de la EII. El análisis IPA reveló múltiples vías de señalización alteradas en pacientes con EII, incluyendo la activación de la protrombina, la respuesta de fase aguda, el sistema de complemento y coagulación, y la activación de receptores nucleares (receptor X hepático/receptor X retinoide).

Conclusiones: El análisis del proteoma de suero y orina representa un abordaje adecuado para el descubrimiento de biomarcadores. Se han identificado varias proteínas que podrían ser potenciales marcadores no invasivos para el diagnóstico de la EII, pendientes de validar en una cohorte independiente de pacientes. Los análisis bioinformáticos han permitido identificar múltiples proteínas que pueden desempeñar un papel fundamental en la patogénesis de la EII.